Корректно: подпадают.
Кавычки не нужны.
Все верно.
В таких случаях вопросительные предложения употребляются во вторичной функции: по формулировке академической «Русской грамматики», они «ориентированы не на получение ответа, а на передачу позитивной информации, всегда экспрессивно окрашенной». В частности, в предложении Какой Новый год без селедки под шубой! заключено «уверенное экспрессивно окрашенное отрицание»: не бывает Нового года без селедки под шубой. Вторичная функция создает условия для утраты этими предложениями вопросительной интонации и приобретения ими интонации восклицательной. Сравним термин вопросительно-восклицательные предложения, применяемый для предложений типа Кто не знал этого человека! в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (параграф 78).
Верно: отдел перешел в подчинение Министерству.
Верно: не такая, какой могла бы быть. В русском языке сослагательное наклонение (с частицей бы) применяется для выражения предположения, возможности или нереализованного условия.
Оба варианта нехороши. Лучше перестроить всю фразу (и по возможности обойтись без слова заточенность).
Правильно: под Николаевом (если речь о городе Николаев).
См. в Словаре трудностей.
Первый вариант по структуре предложения более логичен.
