Запятая нужна: союзное слово что присоединяет придаточное изъяснительное предложение. Обратите внимание, что слово природа заключать в кавычки не требуется: Рассматривая тему «Философия природы в эпоху экологических вызовов современности», нужно определить, что такое природа.

Запятая не требуется, верно: нашёл его глубоким стариком, несмотря на то что в тот момент учёному было всего 37 лет.

Запятые между частями сложносочиненного предложения ставятся: 1. Мы хотели, и мы сделали. 2. Вы приехали к друзьям, и вы должны чувствовать себя как дома.

Запятая не требуется.

Запятая нужна, потому что нужно закрыть ряд обособленных приложений.

Для постановки запятой перед тире нет оснований.

8. Возможны оба варианта написания, как слитное, так и раздельное.

9. Запятая перед «следующие» не нужна.

10. В научном тексте лучше: с фтором.

11. Корректно без наращения.

12. Корректно: Способность к присоединению электронов, а следовательно, и неметаллические свойства ослабевают...

13. Аммиак в малых дозах не опасен. Фосфаты практически не опасны... 

15. Тем не менее мышьяк является...

16. Для ионной связи, вследствие ее природы, не характерны такие свойства, как направленность в пространстве и насыщаемость.

С синтаксической точки зрения во всех случаях перед нами конструкция с придаточным что захочешь / что хочешь. Утверждение об идиоматичности выражения всё(,) что хочешь может быть подвергнуто сомнению. Стоит, правда, обратить внимание на то, что в вопросах, заданных Справочной службе, фигурируют разные глаголы: хотеть и захотеть. Первый из них, несовершенного вида, обладает гораздо большей употребительностью, чем второй. Поэтому всё(,) что хочешь было бы легче признать идиомой, чем всё(,) что захочешь, — если бы не одно препятствие. Дело в том, что в этих выражениях идиоматичности ровно ноль: их смысл полностью соответствует смыслу компонентов, из которых они состоят. И в этом их существенное отличие от всё что угодно / что душе угодно / что душа пожелает: используя эти выражения, говорящий не думает ни о какой душе и даже ни о какой-либо угодности кого-л. / чего-л. кому бы то ни было. Поэтому выражения этой серии можно признать идиомами, а выражения с глаголами хотеть / захотеть — нет. Вывод: запятая в примерах, фигурирующих в вопросах, нужна.

Внятный критерий, который следует учитывать, решая вопрос о постановке/непостановке запятой в выражениях такого типа, — наличие идиоматичности. Только она может отменить запятую в сложноподчиненной конструкции. А наличие идиоматичности выявляется путем проверки на композициональность семантики. Если смысл выражения равен сумме смыслов его компонентов, то его семантика композициональна, идиоматичности нет. Если же семантика некомпозициональна, то можно говорить об идиоматичности.