1. Варианты в сети и в сети равноправны.

2. Правильно: кроссовки, в ед. числе – одна кроссовка.

3. Если речь идет о компании – производителе продуктов быстрого приготовления, правильно: «Роллтон».

Верны оба варианта – склоняемый и несклоняемый: в Иванове и в Иваново. См. в «Письмовнике»: Как склонять географические названия?

Если внутри слов, заключенных в кавычки, встречаются другие слова, в свою очередь заключенные в кавычки, рекомендуется (при условии, что для этого есть технические возможности) использовать кавычки разного рисунка: внешние – «елочки», внутренние – „лапки“ (или – в текстах, набранных на компьютере, – "компьютерные кавычки") . Если же такой технической возможности нет, то закрывающие кавычки ставятся только один раз. Кавычки одного рисунка рядом не повторяются.

Предпочтительно: ОАО «ГМК "Норильский никель"», допустимо: ОАО "ГМК "Норильский никель".

Лучше в таких случаях использовать знак слеш: кро(с/сс)ворд, програ(м/ мм)а. Если слеш по каким-то причинам не подходит, то пробел после запятой нужен. 

Обособление приложения главного бухгалтера А.А. Петрова придаст ему характер попутного замечания: важно, что это был ключ работника компании, а что это за работник — информация второстепенная. Если важно именование конкретного работника, приложение выделять не нужно. Правда, в этом случае возникнет двусмысленность: фрагмент можно прочитать и как работника компании (чьей?) главного бухгалтера А.А. Петрова; возможно, потребуется перестроить предложение.

Такие выражения называют тавтологичными. Обычно при оценке их корретности учитывают стилистические особенности речи. В художественной речи они могут использоваться намеренно, с определенными авторскими целями. В обиходном общении подобные выражения редко воспринимаются критически. Напротив, они едва ли уместны в научных и публицистических текстах, не предполагающих лексического однообразия.

Корректно использовать термин обучающийся. 

Написание буквы з в слове низвергнутый (а также в родственных словах с начальной частью низверг(ж), например: низвергать, низвергнуть, низвержение) подчиняется правилу о приставках на з/с. Приставка выделяется при сравнении со словами свергнуть, отвергать, повергнуть. В орфографии принят более этимологичный подход к членению слова на морфемы, чем в морфемике. Этим часто объясняются расхождения в морфемном членении слова в разных источниках.

Внутри сочетаний типа есть кому (позаботиться), было где (жить) и подобных запятая не ставится.

Нужно обособить пояснение с союзом то есть: сотрудничество между двумя правительствами по дипломатическим, т.е. секретным, каналам происходило...