Названия этих должностей нужно писать строчными буквами.

Собственные имена стоят в винительном падеже. 

Старшему инженеру ООО «Ромашка»
А. А. Иванову
ул. Главная, 1, Москва, Россия, 111111

Запятая нужна, потому что нужно закрыть ряд обособленных приложений.

См. ответ на вопрос № 282407.

Согласны с Вами, предложение построено некорректно. Правильный вариант на русском языке: ...специалист по «Izvestnaya Programma 2012».

Возможны оба варианта имени. О том, как склонять мужские имена Михайло, Данило, Иванко, написано в «Грамматическом словаре русского языка» А. А. Зализняка: «Имена этой группы – древнерусские, украинские, белорусские или русские диалектные. ...Все формы, кроме И.ед., здесь образуются по образцу женского рода (как если бы исходные формы были Иванка, Михайла, Данила), например, у Иванки, с Михайлой, про Данилу. Заметим, что указанные формы И.ед. на -а сами по себе тоже встречаются (одни часто, как Данила, другие редко, как Иванка). Существенно, однако, что в тексте, где встречается такое словооупотребление, как у Иванки, с Михайлой, про Данилу, вовсе необязательно в И.ед. появятся именно эти формы -а: в таком тексте И.ед. может вполне последовательно иметь формы на -о. Наряду с указанным способом склонения у слов данной группы в трудах по истории или в текстах с украинским или белорусским колоритом можно встретить также косвенные формы по образцу мужского рода, например, у Иванка, с Иванком, про Иванка».

Приведем несколько примеров: 

Но каждый гражданин XXI века вправе это сделать ― если внутренний талант гонит тебя на новые подвиги, как гнал он Михайлу Ломоносова по бесконечной трассе: Холмогоры – Москва – Петербург – Фрейберг – Петербург – Москва – и так далее. [Смирнов С. Чьим современником был Ломоносов // «Знание – сила», 2011]

Здесь он познакомился и на всю жизнь подружился с Михайлой Ломоносовым, который всякими правдами и неправдами пробрался в Москву из далекой Архангельской губернии и выдал себя за сына священника. [Лихачева Д. Создатель русского фарфора // «Химия и жизнь», 1970]

Нет оснований обособлять этот оборот. Дополнительные запятые не требуются.

Правильно: Настоящим уведомляю, что заключение гос. контракта по итогам конкурса на условиях, предложенных ООО «Иванов», не является для него крупной сделкой. Обособляется причастный оборот.

Корректно: ...снималась в фильмах: "Агония" (режиссер Э. Климов)...