Совершенно верно, это однокоренные слова с чередованием согласных в корне.

Корректно с прописной, так как это сокращенное название конкретного учреждения.

Пунктуация верна, а вот с орфографией проблема: сочетание несмотря на – предлог и должно быть написано в два слова, а не в три. Обратите внимание: предложение построено неудачно (именно из-за вынужденного нагромождения запятых), лучше его перестроить.

В «Большом толковом словаре русского языка» под ред. С. А. Кузнецова слово плебей в значении 'невежественный человек с вульгарными манерами' имеет помету «разговорное». Оно, безусловно, содержит ярко выраженную отрицательную оценку. Те же семантико-стилистические компоненты обнаруживаются в прилагательном плебейский, образованном от слова плебей в указанном значении.

Да, вторая часть названия после союза или пишется с большой буквы.

Корректно: Расплатой за воровство становятся травмы, как правило несовместимые с жизнью.

Выражение выпучить глаза ('широко раскрыть глаза от удивления, неожиданности, страха и т. д.') представлено в словарях с пометой разговорное. Выражение имеет отрицательный оттенок и допустимо, скорее всего, в ситуации, предполагающей эмоционально повышенное, напряженное состояние участников беседы.

Современной орфографической норме соответствует написание естественно-научный. Можно сослаться на  «Русский орфографический словарь» РАН под ред. В. В. Лопатина (М., 2007)  – самый полный современный орфографический справочник, а также на «Орфографический словарь русского языка» Б. З. Букчиной, И. К. Сазоновой, Л. К. Чельцовой (М., 2008), включенный приказом Министерства образования и науки РФ в список грамматик, словарей и справочников, содержащих нормы современного русского литературного языка при его использовании в качестве государственного языка Российской Федерации.

Затруднения в написании слова естественно-научный обусловлены тем, что по «Правилам русской орфографии и пунктуации» 1956 года (которые действуют до сих пор) верно слитное написание этого слова (как образованного от словосочетания естественные науки). Однако в пунктах, касающихся слитного / дефисного / раздельного написания, «Правила русской орфографии и пунктуации» устарели и расходятся с современной практикой письма, поэтому необходимо руководствоваться предписаниями современных орфографических словарей.

Правило о написании местоимения Вы с прописной буквы при обращении к одному лицу не является строго обязательным. Оно применяется по желанию пишущего: если автор текста хочет подчеркнуть уважительное отношение к человеку, он пишет Вы с прописной. Но и написание со строчной вполне возможно: обращение к человеку на вы само по себе является уважительным.