С собственно языковой точки зрения в этом нет ошибки: ведомство — родовое наименование в отношении слова министерство. Однако в структуре российской исполнительной власти министерства обычно отграничивают от ведомств. К последним относят такие органы исполнительной власти, как агентства, службы, комитеты и др.

Вторая точка не ставится.

В слове известие корректно выделить корень -вест-, это слово в современном русском языке еще связано живыми словообразовательными связями с весть. А вот прилагательное известный такие связи потеряло, в современном языке было бы странным объяснять значение этого слова через весть: известный — это такой, о котором или которого знают; знакомый всем каким-либо качеством, свойством; знаменитый (а не «такой, о котором ходят вести»). Поэтому в современном русском языке в прилагательном известный выделяется корень известн-.

Да, поясняющее приложение нужно отделить запятой или тире: У него был верный друг — щенок Шарик; У него был верный друг, щенок Шарик.

Возможны варианты: 1) И, что ещё хуже, мы упустили преступника; 2) И что ещё хуже — мы упустили преступника.

Запятая нужна, она отделяет главную часть от придаточной в сложноподчиненном предложении.

Запятая не нужна.

Вопросительное слово что перед предложением, раскрывающим его конкретный смысл, отделяется от этого предложения запятой, передающей паузу: А там ты что, прячешься?

Следуя только формальному принципу, ответим, что запятая перед союзом и не нужна, потому что обстоятельство утром относится к обеим частям сложносочиненного предложения. Принимая во внимание смысл, скажем, что отношения между частями не соединительные, а сопоставительные (мы приготовили безе, а пирог испекла, судя по всему, бабушка), поэтому в предложении уместен союз а, а не и (запятая перед союзом а ставится в любом случае): Утром мы испекли тающие во рту воздушные безе, а Василий принес от бабушки вишневый пирог.

В этом случае слово заключается в кавычки или выделяется курсивом.