Ваш вопрос труден, потому что приложение — вообще довольно загадочная вещь. Его трактовка как разновидности определений с теоретической точки зрения не выдерживает критики.
Однозначно можно сказать, что приложение является отдельным членом предложения, когда оно обособлено. В этом случае у приложения особая функция, отличная от функции «определяемого слова». Очень часто дополнительная функция обособленного приложения — выражение причинных отношений (Красавица и умница, Маша всегда привлекала всеобщее внимание).
Что же касается необособленных приложений (которым и посвящен вопрос), то отталкиваться нужно от того, что ключ не в неделимости сочетания, а в однофункциональности приложения и определяемого слова. Мы приехали в город: в город является обстоятельством. Мы приехали в Петербург: в Петербург является обстоятельством. Оба слова прекрасно справляются с функцией обстоятельства. Следовательно, в предложении Мы приехали в город Петербург мы имеем обстоятельство, выраженное словосочетанием с приложением. Это один член предложения. При этом никто не мешает нам указать на то, что один из компонентов распространенного обстоятельства (или другого члена предложения) представляет собой приложение по отношению к другому.
При письменном разборе мы подчеркиваем интересующее нас словосочетание как один член предложения, но надписываем над приложением «приложение» и графически показываем его зависимость от «определяемого слова». При выполнении тестов ОГЭ или ЕГЭ прежде всего анализируем постановку вопроса: предполагается или не предполагается этой постановкой особое выделение приложений.
Примечание: ответ дан с позиций университетского преподавателя. Именно этим объясняется, в частности, то, что словосочетание определяемое слово взято в кавычки: это ирония, так как очень часто невозможно решить, что является определяемым, а что — приложением (это относится и к примерам про Машу и Елену).
Возможно, специалисты по подготовке к ОГЭ/ЕГЭ, методисты и т. д. ответили бы на этот вопрос иначе. Целесообразно проконсультироваться у них.
Ударение в названии города Кальяри предпочтительно ставить на первый слог. На новом сайте БРЭ статьи «Кальяри» пока нет, старая версия сайта действительно предлагает ударение на второй слог. Если существует разнобой в авторитетных источниках, предпочтение обычно отдается произносительной норме, установленной в языке-источнике, особенно если это касается не очень распространенных топонимов.
Такое оформление характерно именно для энциклопедических статей: заголовочное слово (в роли которого выступает в данном случае фамилия) отделяется запятой от всего последующего текста. Правда, чаще в биографических статьях запятая ставится не после фамилии, а после указания фамилии, имени, отчества человека и дат рождения и смерти, например: ЛЕРМОНТОВ Михаил Юрьевич (1814-1841), русский поэт. Но и приведенный Вами вариант (с запятой после фамилии) тоже возможен.
Сегодня филологией принято называть группу научных дисциплин (лингвистика, литературоведение, текстология и др.), изучающих культуру через текст.
Верно: подровненный край платья.
Всё верно, название Брагино по строгой литературной норме склоняется: в Брагине, из Брагина.
В статье ошибка. Правильно: киевляне (есть еще устаревшие варианты киевцы и кияне).
Такая запись числа корректна.
