Слова грамота и грамматика пишутся по-разному, потому что пришли в русский язык в разное время и разными путями. Грамота – это очень старое заимствование из греческого языка. В греческом было слово gramma, означавшее «письменный знак», «буква». У этого слова была форма множественного числа grammata – то есть «буквы», «письмо». Вот это форма и стала нашей грамотой: мы немного изменили греческое слово на свой лад. А слово грамматика пришло к нам намного позже, в XVIII веке, из латинского языка. Оно тоже, конечно же, восходит к греческим словам grammata, grammatike, но в латинском языке сохранились две буквы «м».

Судя по электронному каталогу Российской государственной библиотеки, написание старого названия Новосибирска до переименования не было единообразным: в карточках книг начала ХХ века встречается много и дефисных, и слитных написаний.

Ведущие энциклопедические издания (БСЭ, БРЭ), в которых большое профессиональное внимание уделяли и уделяют орфографии собственных имен, дали старое название города без дефиса — Новониколаевск (см., например, на сайте БРЭ статью Новосибирск и другие статьи). Такую же форму находим в топонимическом словаре Е. М. Поспелова «Географические названия России» (М., 2008).

Таким образом, общая рекомендация — ориентироваться на словарную традицию и писать слитно: Новониколаевск.

Эти слова пишутся по-разному, потому что пришли в русский язык в разное время и разными путями. Грамота – очень старое заимствование из греческого языка. В греческом было слово «грамма», означавшее «письменный знак», «буква». У этого слова была форма множественного числа «граммата» – то есть «буквы». Вот это форма и стала нашей грамотой: мы немного изменили греческое слово на свой лад. А слово грамматика пришло в русский язык намного позже, в XVIII веке, из латинского. Оно тоже, конечно же, восходит к греческому «граммата», только в латинском языке сохранились две буквы «м».

Слово торт в русском языке известно с начала XVIII века, при этом оно имело более широкое значение, чем сейчас (были возможны сочетания торт мясной, торт с кроликом, т. е. торт значило вообще 'пирог'). Слово торт итальянское по происхождению: torta 'сладкий пирог', это значение развилось из значения 'нечто скрученное', ср. torto 'кривой, извилистый'. Из итальянского торт пришло и в другие европейские языки, в том числе и в русский (возможно, не непосредственно из итальянского, а через голландское посредство).

Слово тортеллини образовано в итальянском языке от того же корень tort- со значением 'нечто скрученное'.

В литературных источниках 60-х годов ХХ века — публицистике, мемуарах, художественных произведениях — можно обнаружить свидетельства знакомства авторов или их героев с балканским блюдом чевапчичи. Можно найти это слово (с грамматической пометой «множественное число») и в сербохорватско-русских словарях. Этимологические разыскания ведут уже к персидскому языку, но и краткой исторической справки достаточно, чтобы не согласиться с Вашей версией происхождения названия блюда. В русском языке слово чевапчичи употребляется как существительное в форме множественного числа, склоняемое: вкусные чевапчичи, Сербия славится чевапчичами, порция знаменитых чевапчичей, угощать чевапчичами, десятка два чевапчичей.

Большая российская энциклопедия (https://bigenc.ru/c/rus-narod-fa396e?v=9813828) указывает, что русь (русы) — этноним, название восточноевропейского народа, известного с IX века. Кроме того, существительное рус изредка употребляется в художественных и публицистических текстах в значении "русский" ("...патриарх прибавил, что-де я за последние 15-20 лет первый рус, проникший в патриаршую библиотеку [M. Н. Сперанский. Письма Н. М. и А. Е. Сперанским (1891)]) и даже "представитель одного из славянских народов, живущих не территории России" ("...по этому произношению... вы легко узнаете южного руса" [В. И. Даль. Говор (1848)]). 

Вопросы, которые Вы задаете, касаются такого раздела морфологии, как аспектология. Советуем Вам познакомиться с такими базовыми исследованиями по аспектологии, как «Вид и время русского глагола» А. В. Бондарко, «Очер­ки по ас­пек­то­ло­гии» Ю. С. Маслова, «Мно­го­знач­ность и си­но­ни­мия в ви­до-вре­менной сис­те­ме рус­ско­го гла­го­ла» М. Я. Гловинской. 

Чередование о // а регулярно происходит в корнях глаголов при присоединении к ним суффикса -ива/-ыва (со значением длительного или регулярно повторяющегося действия): ходить/хаживать, носить/нашивать и т. п. Однако из этого правила есть исключения. Например, для пары оспоривать/оспаривать еще в первой половине XIX века был нормативен только первый вариант ("Хвалу и клевету приемли равнодушно / И не оспоривай глупца”, А. С. Пушкин). Сегодня нормативны только варианты приурочивать, уполномочивать, подытоживать, просрочивать, узаконивать, упрочивать.

Чередование т // ч также относится к историческим, оно происходило под влиянием звука [j], например: свет > свет + ja > свеча.

Согласно рекомендациям справочника "Иностранные имена и названия в русском тексте" Р. С. Гиляревского и Б. А. Старостина английское s, произносимое как z, транскрибируется при помощи с, например: Galashiels — Галашилс. 

Транскрипция английского h, образуемого посредством выдоха и отсутствующего в руском языке, представляет известные трудности. В настоящее время h чаще передают через русское х. Однако с XVIII века, если не раньше, сложилась традиция передачи английского h через русское г. В ряде английских имен и названий такая традиционная передача сохранилась и до нашего времени, например: Гамильтон, Говард, Гайд-Парк. 

Не всегда оправданны прямолинейные сопоставления в сфере глагольного словообразования. В судьбе лингвистического термина одушевленные существительные есть важная ступень — семантическое преобразование (метонимия), в основе которого лежит представление об именах, означающих одушевленные существа, и словосочетания имена одушевленных существ, имена предметов одушевленных. История категории одушевленности изначально связана с именами людей, активных, действующих лиц, затем падежные формы имен лиц распространились на названия животных, а также на другие группы существительных, обозначающих живые существа. В XIX веке лингвист Ф. И. Буслаев писал о русских существительных мужского рода: «...винительный имен одушевленных сходен с родительным».