Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Название Минпросвещения России не склоняется. При этом склоняются наименования с усеченной конечной частью: Минтруд, Минспорт, Минздрав... (но: Минобрнауки, Минобороны - не скл.!)

Количественные числительные пишутся без наращений. Верно: интервал увеличен с 2 до 5 секунд.

Не требуется запятых ни до, ни после союза и.

Верно: Добрый день! Хотелось бы найти девушку, которая сегодня (17.02) занималась в зале Metrofitness примерно с 8:00 до 9:40. Рыженькая, была одета в черные легинсы и черную футболку, ростом примерно 1,67 м. Сегодня у нее был «день ног». Приехала на серебристой Toyota WiLL Cypha, если не изменяет память, номер K509MB.

Тире ставится.

Приведите, пожалуйста, контекст.

Если название Ванино употребляется без родового слова (поселок), оно склоняется: в Ванине. Подробнее см. в "Письмовнике".

Запятая после слова оплатой нужна.

Предложение можно понять и так и так.

Поэтому, чтобы избежать разночтений, в документах лучше использовать формулировку до 15 числа включительно.