Нет разницы между «и/или» и «и (или)».
Оба варианта используются для выражения альтернативы или добавления вариантов. 

Слова фармация и фармацевтика можно назвать абсолютными синонимами, оба они вполне нормативны. Исторически слово фармация означает аптеку — специализированный склад-магазин для хранения, кустарного изготовления и продажи лекарств, слово фармацевтика — производство лекарственных средств и препаратов в промышленных масштабах. Известно при этом, что специалисты предпочитают использовать в значении "раздел медицины, изучающий вопросы добывания, обработки, изготовления, хранения, отпуска лекарственных средств" именно слово фармация. 

Нет, знаки препинания расставлены неправильно.
Исправленный вариант: Овраг, образованная водотоками ложбина, с разбегу выскакивает на песчаный берег, скрипучие вязы резко останавливаются, подавшись назад, но ручья удержать не могут — хрустальной струёй он вливается в реку, собирая на песчаной отмели шаловливых рыбешек, безобидно маленьких и ни на что не годных.

В русском языке значения глаголов умереть и погибнуть синонимичны, но не одинаковы. Основное значение слова погибнуть — 
"подвергнуться гибели, уничтожению (обычно при катастрофе, бедствии и т.п.); умереть (обычно насильственной смертью)". 

Корректно: Островов здесь было много — так же, как и на нашей реке, их намывала могучая Лена.

Слова типа край, город, река и т. д., даже если обозначают в каком-либо контексте конкретный объект (а в контексте обычно приводится и его полное название), не становятся от этого именами собственными. Нет оснований писать их с прописной буквы.

Запрета на сочетание глагола применять с существительным требование нет. Исходить нужно из того, какие значения имеет глагол применять/применить в современном русском языке. См.: ПРИМЕНЯТЬ, несов. (сов. применить), что. Использовать, потреблять (потребить) опыт, знания, какие-л. средства, прилагая, приспосабливая их для чего-л., с целью достижения каких-л. результатов, успеха и т.п. [impf. to apply (to), employ, use, put into use or operation; to exert, apply, use (strength, skill, etc.) to gain a desired result]. Этот клей применяют для склеивания изделий из дерева, ткани, кожи и бумаги. Теперь он мог применить свои знания на практике.

Слово вживую имеет разговорный оттенок, однако в его значении нет никакой негативной оценки: 1. Лично, непосредственно (не в записи, без фонограммы). Услышать рок-ансамбль в. Петь в. (о певце). 2. Наглядно, своими глазами. Увидеть в. знаменитого футболиста. Оно может быть использовано как антоним слова онлайн. 

Предпочтительнее все списки в документе оформлять единообразно.
 

Увы, только традицией. Приставки интра- и интро- восходят к одному и тому же латинскому источнику, имеют одно и то же значение. При этом вариант интра- встречается более часто, с приставкой интро- пишутся только слова интроверсия, интродукция, интроекция, интроскоп, интросомнический, интроспекция и однокоренные с ними.