Этимология слова ящерица неясна, и даже исторический анализ процесса образования этого слова вызывает затруднения. По одной из версий, это слово образовано от слова ящер с помощью суффикса -иц- с уменьшительным значением (ср.: земли-иц-а). Эта версия находит некоторое подтверждение в современном языке: несмотря на то что в основных значениях слова ящер (млекопитающее) и ящерица (пресмыкающееся) расходятся, так как обозначают разных животных, разговорное значение слова ящеры ― это ‘общее название наземных позвоночных животных, обитавших в доисторическую эпоху’. Возможно, для животных небольшого размера когда-то использовалось существительное с уменьшительным суффиксом -иц-.

Но в современном языке при именовании животных суффикс -иц- используется исключительно для обозначения самок, ср.: буйвол → буйволица, волк → волчица, тигр → тигрица и т. п. Поэтому в слове ящерица невозможно определить значение суффикса -иц- и установить словообразовательную и семантическую связь этого слова со словом ящер. В результате при словообразовательном анализе слово ящерица рассматривается как непроизводное, с корнем ящериц-.

При таком подходе считается, что при образовании слова ящер-к-а от слова ящериц-а с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -к- происходит усечение производящей основы, совпадающей с корнем. Аналогичный процесс (усечение корня) происходит при образовании слова ящер-енок ← ящериц-а, ср.: утк-а → ут-ёнок, лягушк-а → лягуш-онок, рябчик → рябч-онок и др. Корни ящериц- (ящерица) и ящер- (ящерка) считаются вариантами одного и того же корня (алломорфами).

Однако в лингвистике существует и другой подход к анализу структуры этого слова. При этом подходе учитываются не только связи между производящими и производными словами, но и членение на морфемы по аналогии с одноструктурными словами. В этом случае в слове ящерица выделяется корень ящер- и суффикс -иц-, а в слове ящерка ― тот же корень и суффикс -к-. В таком случае усечение производящей основы происходит за счет суффикса -иц-.