Слово из речи собеседника лучше оформить в отдельное предложение. Чаще всего в подобных случаях понятно, что говорящий повторяет речь собеседника, поэтому кавычки не требуются: Молекулярная... Меньше рассуждайте о том, что вам не известно. Если это не понятно, кавычки можно поставить: «Молекулярная...» Меньше рассуждайте о том, что вам не известно. Подробнее см. ответ на вопрос № 322543.

Во второй части предложения есть формальное подлежащее – местоимение что, а значит, это двусоставное предложение. Получается, правило о непостановке запятой перед одиночными союзами и, или, либо, соединяющими структурно однотипные части, здесь не работает.

Вопрос об общем вводном слове в приведенном предложении не столь прост. С одной стороны, по смыслу слово наверное вполне может относиться как к первой грамматической основе (нездоровится), так и ко второй (что бывает), и это основание не ставить запятую перед союзом. С другой стороны, в предложении можно увидеть не предположения о том, что случилось (сравним действительно альтернативные версии: Наверное, ему нездоровится или его кто-то отвлёк), а сомнения в том, что слово нездоровится можно употребить по отношению к младенцу (в предложении не идет речь о двух предполагаемых ситуациях, а отражен поиск точного слова для обозначения одной ситуации). В таком случае вторая часть будет носить присоединительный характер, и это аргумент за постановку запятой перед союзом. В пользу этой версии может свидетельствовать то, что слово наверное невозможно присоединить напрямую ко второй части: *наверное, что там с младенцами бывает (тогда как предложение Наверное, ему нездоровится или его кто-то отвлёк легко раскладывается на два: Наверное, ему нездоровится и Наверное, его кто-то отвлёк).

Отметим, что приведенное предложение носит разговорный характер, а пунктуационные правила записи разговорной речи не разработаны детально, да и возможно ли их детально разработать, учтя все возможные варианты высказываний, – отдельный вопрос. 

Все зависит от значения. Если "между тем" = "в это время", то запятая не нужна.

Запятая нужна: придаточное предложение как не бояться действительности выделяется запятыми с обеих сторон.

Это вопросительные предложения, в конце нужен вопросительный знак.

Слова вместе с тем не являются вводными и не требуют обособления.