Сформулируйте, пожалуйста, конкретные вопросы о разнобое в написании: кавычки, пробелы, прописные и строчные буквы... Попробуем разобраться.

Корректно написание через тире: в эоцене -- голоцене, с эоценом -- голоценом.

Тире в данном случае не нужно. 

Нейтральный порядок слов именно таков: хлорид калия, глюконат кальция и т. п. В конструкциях, подобных приведенным Вами, он тем более удобен, что при двух родительных падежах подряд (использование хлорида калиция) на первом месте стоит главное слово сочетания. Думается, что иной порядок (кальция хлорид, кальция глюконат, кальция фторид и т. п.) удобен лишь в номенклатурах. 

Если глагол сказал не несет на себе логического ударения, то, полагаем, можно поставить запятую или тире. Случай напоминает (хотя и не по всем признакам) тот, который рассматривался в вопросе 310962.

Правильно: Документы судов и военных трибуналов, а также документы, содержащие сведения о возбуждении дел и составах преступлений, местах осуждения и отбывания сроков заключения, не относятся к перечню документов, образующихся в деятельности предприятий железнодорожного транспорта, и на хранение в отдел архивов Октябрьской железной дороги не поступали.

Внутри предложения после обозначения пункта "4.19.1" точку ставить не требуется.

В этом предложении запятая перед "которые" необходима. Она ставится для отделения придаточного предложения от главного. Подчеркнуть, что придаточное относится к слову "людей", можно другими средствами, например: Люди, которые считают, что они все знают, так раздражают нас — людей, которые действительно все знают!

Существует сложившаяся грамматическая традиция рассматривать отрезок -фикация как вторую часть сложных слов (см. например «Большой толковый словарь русского языка» под ред. С.А.Кузнецова: https://gramota.ru/poisk?query=фикация&mode=slovari&dicts[]=42 ), а -и- — как соединительную гласную (см., например, «Правила русской орфографии и пунктуации» В. В. Лопатина, § 66: https://gramota.ru/biblioteka/spravochniki/pravila-russkoy-orfografii-i-punktuatsii/bezudarnye-soedinitelnye-glasnye).

Отрезок -фик- является заимствованным связанным корнем, который не употребляется без суффиксов, встречается только в сложных словах, является вторым компонентом этих слов. Слово образовано от глагола электрифицировать с помощью суффикса -аци[j]- с чередованием в корне к // ц, ср.: газифиц-ирова-ть→ газифик-аци[j-а]. В процессе словообразования происходит усечение суффикса производящей основы -ирова-. В словаре А. Н. Тихонова слова со связанными корнями рассматриваются как непроизводные с точки зрения синхронических процессов в языке, поэтому анализ структуры некоторых слов расходится с другими источниками.

В русской пунктуации не принято ставить запятую перед открывающей скобкой, даже если текст в скобках относится не только к выделяемому запятыми обороту, но и ко всему предложению; запятая ставится после закрывающей скобки: Положение об оплате труда работников ИО РАН, утвержденное приказом № 5 от 09.01.2024 г. (далее — Положение), определяет...