В этом предложении знаки препинания расставлены верно.

В литературном языке названия республик женского рода, оканчивающиеся на -ия, -ея, согласуются со словом республика, т. е. склоняются. Литературная норма: в Республике Адыгее, о Республике Калмыкии. Однако в официально-деловой речи, в документах название часто остается в именительном падеже.

В принципе правильны (с точки зрения синтаксиса и пунктуации) оба варианта, но второй воспринимается легче.

Корректны такие варианты:

• Это океанографический парк, что находится в испанской Валенсии.
• Это океанографический парк, что находится в Испании, в Валенсии.
• Это океанографический парк, что находится в Валенсии (Испания).

Корень приведенных Вами слов — скворч-. В этом корне ч чередуется с ц и появляется беглый гласный е, ср.: скворец, скворечник. От слова скворец образуется существительное скворушка (суффикс -ушк-), при этом сочетание ец, которое является суффиксом только исторически, усекается. Об истории слова скворец можно прочитать в статье «Большого универсального словаря русского языка» под ред. В. В. Морковкина. Обратите внимание: слово скворчонок пишется с гласной о.

Заимствованное слово деним включено в выпуск «Новое в русской лексике. Словарные материалы-1978» (М., 1981), что можно считать его первой лексикографической фиксацией в отечественном издании. Неологизм также представлен в словарях иноязычной лексики и в «Русском орфографическом словаре». Несомненно, словарное «признание» свидетельствует о вхождении слова в лексический состав русского языка.

Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется. 

Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал. 

Запятая нужна: в данном случае слово предположительно имеет значение 'вероятно, возможно, скорее всего', а значит, оно вводное.

Для этой запятой нет оснований. Вводное слово разумеется отделено от остального высказывания первой запятой, вставная конструкция и это очевидно выделена с помощью парного тире; далее, с союза чтобы, начинается первая предикативная часть сложноподчиненного предложения.

Вводные слова обособляются независимо от их позиции в предложении. В приведенном примере слово наверное  выражает неуверенность говорящего и является вводным.