Да, многие предписания этого справочника не соответствуют орфографической норме. На наш взгляд, можно руководствоваться названием справочника (по оформлению актов) и следовать его рекомендациям при составлении официально-деловых документов, а вне канцелярского употребления писать согласно орфографическим правилам.

Если точка (или иной знак препинания) являются частью наименования, то после такого наименования ставится знак препинания, указывающий на конец предложения. Например: Я прочитал роман Чернышевского "Что делать?".; Я прочитал книгу Пелевина «Transhumanism Inc.». 

Слова кроме и помимо (в знач. «кроме, сверх») вводят не придаточные предложения, а обороты (условно называемые дополнениями) с ограничительным или расширительным значением. Такие обороты обычно выделяются запятыми, но постановка запятых не является строго обязательной, знаки могут и отсутствовать. См. в «Справочнике по пунктуации»: 370">КРОМЕ (кого, чего); ПОМИМО (чего).

Тенденцию, о которой Вы пишете, зафиксировал Д. Э. Розенталь: в газетных текстах кавычки при прямой речи нередко опускают. Правда, он ничего на писал о названиях изданий, которые предшествуют прямой речи. Полагаем, что в заголовках, подобных Вашему примеру, название можно писать без кавычек, если оно безошибочно распознается как название:

     Парламентская газета: На неприятные запахи хотят ввести норматив.

§ 103, о котором Вы пишете, – это параграф «Правил русской орфографии и пунктуации» 1956 года, официально действующих до сих пор (на нашем портале представлена электронная версия этого свода). Понятно, что в 1956 году рекомендации писать строчными буквами названия, связанные с религией, были вызваны идеологическими причинами. Сегодня эти предписания уже не соблюдаются.

Вопрос о том, как в русском литературном языке произносится и как следует произносить в абсолютном начале слова гласный, обозначаемый на письме буквой э, является одним из спорных в русской фонетике. Мнения фонетистов в отношении того, (1) что произносится в таких случаях носителями литературного языка, (2) что следует рекомендовать в качестве нормативного (орфоэпического) произношения и даже (3) как обозначать в транскрипции конкурирующие в этой позиции варианты произношения, расходятся.

Для третьей четверти ХХ в. еще сохраняла актуальность рекомендация Р. И. Аванесова (в 5-м издании «Русского литературного произношения», 1972) произносить как под ударением, так и в предударной позиции гласный типа [e]: напр. [é]пос, [e]пи́ческий и т. п., однако в безударном положении [e], по его мнению, «может несколько склоняться к [и], но не должен произноситься как [и] или [ие]» (последним символом Аванесов обозначал гласный средний между [е] и [и], но не совпадающий с [и]). Произношение типа [и]та́ж, [и]коно́мика и даже [ие]та́ж, [ие]коно́мика и под. он не считал литературным.

В конце ХХ в. положение, видимо, изменилось, и новейший «Большой орфоэпический словарь русского языка» (БОС) (под ред. Л. Л. Касаткина. М., 2012) для хорошо освоенных заимствований с начальным э уже однозначно рекомендует произношение [ие] ([ие]кза́мен, [ие]та́ж, [ие]коно́мика и т. п.), допуская [e] или варианты [e]~[ие] для некоторых редко употребляемых слов (ср. [иe]галита́рный и допуст. [e]галита́рный).

Особую позицию занимала Л. А. Вербицкая (Давайте говорить правильно. 3-е изд. М., 2003), которая на основе распространенного, по ее мнению, произношения типа [ы]та́ж, [ы]коно́мика и т. п. считала, что именно его следует рекомендовать в качестве литературной нормы, однако эта точка зрения не получила поддержки среди специалистов в области русской орфоэпии.

Таким образом, в настоящее время целесообразно ориентироваться на описание литературного произношения слов с начальным э и орфоэпические рекомендации БОС. Однако при этом надо иметь в виду, что не только неискушенные носители литературного языка, но даже и большинство фонетистов вряд ли смогут обнаружить тонкие различия в произношении звуков, часто обозначаемых в транскрипции символами [и] и [ие]. Для носителей современного русского литературного языка звуки, условно обозначаемые фонетистами как [и] или [ие], несомненно представляют собой реализации одного звука (фонемы) /и/, а слова иконостас и экономика начинаются с одной фонемы /и/, если они, конечно, реализуют в начале слова экономика фонему /и/, а не /е/, что в принципе тоже возможно (ср. произношение [е]коно́мика, [е]та́ж).

Вопрос очень обширен, Вы можете найти подробные рекомендации по оформлению сокращений и оглавлений в книге А. Э. Мильчина "Справочник издателя и автора". Книга есть в Интернете в электронном виде.

Да, есть рекомендация использовать предлог со перед словами, начинающимися с сочетаний [с, з, ш, ж + согласный] или с согласного [щ]: со ста, со славой, со звездой, со шкафа, со жгутом, со щами. Она приведена в «Кратком словаре трудностей русского языка» Н. А. Еськовой, ее можно найти в «Письмовнике» на нашем портале. Здесь важно, перед каким словом используется предлог, а не к какому слову относится, поэтому приведенная рекомендация дает основания выбрать вариант со сжатыми кулаками. 

Впрочем, в письменной речи встречаются оба варианта, при этом вариант со сжатыми кулаками частотнее. В «Национальном корпусе русского языка» можно найти 31 пример использования варианта с сжатыми кулаками. Вариант со сжатыми кулаками встречается в корпусе 69 раз.

Мы уже ответили Вам на множество вопросов на эту тему. К прежним ответам добавим, что границы имени собственного (имени персонажа, названия того или иного уникального предмета) во многих случаях устанавливает автор текста. При этом стоит учитывать, что, когда в современных текстах авторы присваивают статус имени собственного любому словосочетанию и пишут все компоненты, даже служебные, с прописной буквы, это не соответствует традиции русского письма. Поэтому оформить название меча как Сияние рассвета гораздо лучше, чем Сияние Рассвета. 

Вводные слова обособляются и в таких случаях.