Ничего не изменилось. Верно: из города Москвы, Саратова, Тюмени. Подробнее см. в "Горячих вопросах".
Ваш вопрос не вполне понятен, но все же попробуем ответить. Словари, представленные на портале, включают разное количество слов и словарных статей. Так, в «Русском орфографическом словаре» статей больше, чем в других словарях, например в «Большом толковом словаре русского языка». Но, пользуясь словарями, нужно учитывать, что во многих из них не у каждого слова есть своя собственная словарная статья, некоторые слова (или сочетания слов) можно найти в текстах словарных статей других слов. Например, в «Большом толковом словаре русского языка» слово учительница включено в статью учитель, а в «Русском орфографическом словаре» учительница и учитель — две самостоятельные статьи. При этом в «Русском орфографическом словаре» собственное имя часто входит в статью производного от него слова (Ломоносов — в статью ломоносовский, Новосибирск — новосибирский, Лиссабон — лиссабонский, Прудон — прудонизм и проч.), составное название, фразеологизм — в статью одного из входящих в него слов (лог, луна), в одной статье могут сопоставляться два слова, два произносительных варианта слова (эдем, ладаки и ладакхи). При обновлении портала количество словарных статей в словарях не изменилось, а вот словарей стало больше.
Верно: ...из ста сорока одного магазина (так как числительное кончается на один). Но предложение, действительно, небезупречное, и его лучше перестроить, если есть такая возможность.
Дело в том, что последнее прижизненное издание справочника Розенталя выходило в начале 1990-х годов, а все дальнейшие переиздания этой книги были подготовлены редакторами и корректорами уже после смерти Дитмара Эльяшевича. И некоторые предлагаемые в этом справочнике рекомендации (например, писать в Украину) представляются весьма спорными. Кроме того, справочник Розенталя несколько отстает от современной практики письма.
Что касается полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации», то среди его авторов ведущие научные сотрудники Института русского языка имени В. В. Виноградова РАН и других лингвистических учреждений, подготовившие не одно справочное пособие. Так, Н. А. Еськова - автор «Краткого словаря трудностей русского языка», Л. К. Чельцова - один из авторов «Справочной книги издателя и автора» (совместно с А. Э. Мильчиным), Н. С. Валгина - один из ведуших современных специалистов по синтаксису и пунктуации.
Наша рекомендация - пользоваться обеими книгами, между ними не так уж и много разночтений, а в случае разнобоя в рекомендациях, на наш взгляд, предпочтительно в большинстве случаев ориентироваться на полный академический справочник.
См. в «Словаре трудностей».