Правильно склонять: в городе Геленджике, города Геленджика.

В приципе, Вы правы, однако в данном случае кавычки нужны еще и потому, что наименованию предшедствует родовое слово: бензоат натрия, ароматизатор натуральный "карамель", краситель натуральный "сахарный колер".

Однозначный ответ на Ваш вопрос дать сложно. Местоимения 3-го лица он, она корректно употреблять, когда речь идет о лице, не участвующем в разговоре, отсутствующем (это не является признаком неуважения к человеку). Но не тогда, когда человек принимает участие в разговоре. Вот что написано в «Словаре русского речевого этикета» А. Г. Балакая: Употребление местоимения он, она по отношению к собеседникам, без предварительного называния их по имени (имени-отчеству) считается невежливым: говорящий как бы исключает собеседника из общения, демонстрируя тем самым неуважительное к нему отношение.

Так что вопрос заключается вот в чем: можно ли считать Вашу коллегу отсутствующей при разговоре? С одной стороны – да, когда Вы просили коллегу передать ей что-то, то этот разговор шел только между вами двумя, а она находилась в другой комнате и к данному диалогу отношения не имела. А следовательно, формально правила этикета Вы не нарушили. С другой стороны, слыша Ваш голос в телефонной трубке, она «виртуально» все-таки присутствовала при разговоре, поэтому формально у нее был повод обидеться на Вас.

1. Правилен первый вариант. Но если важно сохранить начальную форму (чтобы у читателя не возникло сомнений - Ворбьёв или Воробьёво), то лучше написать в селе Воробьёво. 

2. В специальной литературе принято иллюстративный материал давать курсивом, а значения писать в одинарных кавычках (Тюркское алабуха означает 'окунь'), но в публикациях для широкого читателя Ваш вариант оформления возможен, также возможно набрать слово курсивом, а значение дать в обычных кавычках. 

Предпочтительно: не стоит делать преждевременные выводы.

В текстах официально-делового стиля принято сначала указывать родовое понятие (улица, проспект, переулок и т. п.), а затем видовое (собственно наименование): ул. Ставропольская. Однако грамматическим нормам русского языка соответствует иной порядок элементов: если наименование выражено прилагательным, то оно пишется после родового понятия (Садовая улица, Фельдмаршальский проспект, Горлов переулок и т. п.), а если существительным в родительном падеже — то после (улица Москвиной, плащадь Пролетарской Диктатуры). Нарушение этого естественного порядка, кстати, может приводить к непониманию этимологии наименования. Например, в Петербурге есть Зеленина улица (где Зеленина — от зелейная, так как улица шла к пороховому заводу), но улица Зайцева (так как названа в честь участника Великой Отечественной войны генерал-майора П. А. Зайцева).

Это общественный договор, это не чье-то индивидуальное решение.

Слова принебрежение нет в русском языке. Вероятно, Ваша знакомая имела в виду пару презрение ''полное пренебрежение, неуважение' – призрение ''попечение' (от призреть 'приютить').