Первая запятая уместна: обстоятельственные обороты «в случае + существительное» могут выделяться знаками препинания. Вторая запятая не нужна, т. к. оборот не позднее чем не содержит сравнения.

И в причастии, и в соотносительном с ним прилагательном прожженный пишется две н. В этом случае решающий фактор — совершенный вид глагола прожечь, от которого образовано слово (см. пункт 2а параграфа 98 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

Вы понимаете правильно.

В официальных текстах единственно приемлемый вариант — сопровождать подобные названия родовым словом (тем самым «словом-классификатором»): между ООО «Газпром экспорт» и компанией N был заключен договор... Иные варианты слишком неформальны.

В предложении отсутствует временно́е согласование сказуемых. Возможен такой вариант: Пациент был растроган до слез, когда терапевтическая лошадь положила голову ему на грудь.

«Русская грамматика» 1980 г. описывает сочетание и следовательно как соединение близкое к составному союзу, соединение простого союза и уточняющего его значение конкретизатора (в данном случае вводного слова). В подобных сочетаниях по правилам пунктуации запятая после союза ставится, если союз не включается во вводную конструкцию, соединяя члены предложения или части сложного предложения (вводное слово можно опустить без нарушения структуры предложения). Это как раз Ваш случай, поэтому знаки Вы расставили правильно. Ср.: Весь тираж уже отпечатан, и, вероятно, книга на днях поступит в продажу.

А. С. Пушкин — это, конечно, не одно слово, а три, только два из них сокращены. Первые буквы имени и отчества, или имени и фамилии, или имени, отчества и фамилии называются инициалами. Инициалы относятся к графическим сокращениям. Приведем другие примеры графических сокращений: зав. кафедрой, Ин-т рус. яз. Все графические сокращения не являются словами в отличие от аббревиатур (сложносокращенных слов). Примеры аббревиатур: завкафедрой, ИРЯ (Институт русского языка). О графических сокращениях и аббревиатурах можно почитать в правилах орфографии. 

Заглавная буква не в начале слова встречается в дефисно пишущихся сочетаниях (например, Нью-Йорк, пол-Европы), аббревиатурах (например, КамАЗ). Модное веяние нашего времени — писать заглавную букву в словах-названиях типа АвтоМотоКлуб, но такое написание не закреплено правилами орфографии и не рекомендуется.

Лучше поставить вместо тире скобки: Жвачные животные, используемые в сельском хозяйстве (не только коровы, но также овцы, козы, верблюды, свиньи и лошади), ежегодно выпускают в атмосферу почти треть всех антропогенных метановых выбросов.

Запятая ставится после скобок.

На наш взгляд, стоит смириться с существованием разных подходов.