См. здесь.

Исторически в словах прекратить, прекращать выделяется приставка пре- и корень с чередованием полногласного (исконно русского) сочетания оро и неполногласного (старославянского) сочетания ра. В таких корнях написание определяется проверкой (кра́ткий) или указанием на однокоренное слово с полногласием (короткий). Подробнее об этом см. на ресурсе «Орфографическое комментирование русского словаря».

Но при разборе слова по составу не с исторической точки зрения, а с точки зрения современного русского языка нужно выделить в глаголах прекратить, прекращать корень прекрат-, прекращ-. В современном языке живые словообразовательные связи между прекратить и краткий потеряны, значение слова прекратить сейчас нельзя объяснить через значения этого корня и приставки пре-.

К сожалению, нам не удалось обнаружить в словарях и других заслуживающих доверия лингвистических источниках историю этого выражения. Тем не менее в Интернете публикуются версии его происхождения, приведем наиболее распространенную.

В Одессе почти сто лет со дня основания (1792) не было водопровода. Воду возили водовозы, причем издалека, так как в приморской зоне колодцы дают воду солоноватую, пригодную только для технических целей. Артезианские скважины называли фонтанами.

Скважины с лучшей питьевой водой нашлись в ~10 км от центра города. Туда построили дорогу, и стали называть Фонтанской дорогой. Она и теперь так называется. В старой песне «Фонтан черемухой покрылся» — это на улице, вдоль дороги росла черемуха. Лучшая вода оттуда стоила дороже, но водовозы норовили привезти воду из колодцев поближе и продать по цене фонтанской. Знатоки, хозяйки пробовали и говорили: «Нет! Это не фонтан!».

Чтобы расставить знаки препинания в первых трех предложениях, эти предложения нужно видеть целиком. Общая рекомендация такая: оборот с производным предлогом (согласно, на основании, в соответствии и под.) обособляется, если требуется обозначить его границы, чтобы предложение не выглядело двусмысленным. Например, запятая нужна в таком предложении: Во избежание неверного понимания фразы директором были внесены изменения в документ. Без запятой непонятно, к какому слову относится слово директор. Запятая избавляет фразу от двусмысленности: Во избежание неверного понимания фразы директором, были внесены изменения в документ или Во избежание неверного понимания фразы, директором были внесены изменения в документ. Если границы оборота понятны без знака, двусмысленность не возникает, то обособлять оборот не нужно.

В последнем случае запятая обязательна, но она ставится не для отделения оборота с предлогом в силу. В предложении необходимо обособить придаточную часть, начинающуюся со слов содержание которой следует рассматривать.

Возможны варианты: Если я буду лить воду в ведро, оно будет наполняться; Когда я буду лить воду в ведро, оно будет наполняться; В то время, когда я буду лить воду в ведро, оно будет наполняться. 

В Вашем примере корректно слитное написание отрицательной частицы в обоих случаях. Дело в том, что раздельное написание (при отсутствии противопоставления и иных условий для написания с пробелом) - это признак "усиления" отрицания, интонационного выделения частицы при прочтении.

Запятые во всех случаях не нужны, т. к. обороты с как тесно связаны со сказуемыми (глаголы сами по себе не выражают нужного смысла).

В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.

Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.

Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.