Перенос деревь-ев правилен. Буквы ъ и ь не разрешается отделять от предшествующей согласной, т. е. неправильным был бы перенос дерев-ьев. А перенос деревь-ев полностью соответствует правилам переноса. См.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / Под ред. В. В. Лопатина. М., 2006. § 213.

Слова по одной из версий обычно обособляют как вводные, указывающие на источник информации.

Корректно: Логомифическая мифология пролетариата старалась походить на истинную мифологию, объявляя войну православию и не жалея средств на рождение новой вселенной.

Поскольку вводное слово к примеру находится в начале обособленного (в данном случае пояснительного) члена предложения, запятая после него не ставится. Кроме того, не нужна запятая между подлежащим компания и сказуемым предоставляет. Таким образом, корректно: Если компания предоставляет услуги или продукты, которые нельзя потрогать руками, к примеру программное обеспечение, то весь рабочий процесс проходит в информационных системах, где без особых затрат можно создать систему учёта выработок сотрудников.

Корректно: Но нужно помнить: нарушение точности приводит к тому, что мысль искажается.

Сочетание в том числе синонимично предлогу включая (см. «Большой универсальный словарь русского языка») и выражает тот же смысл, что и имеющееся в предложении причастие включающая. Рекомендуем убрать сочетание в том числе из текста.

Словарной рекомендации пока что нет. Возможно дефисное написание.

Возможно, это просторечные или диалектные варианты произношения. Литературным нормам современного языка они не соответствуют.

Оба варианта правильные. Слово входите подойдет, когда приглашают внутрь помещения, а словом проходите можно предложить как войти, так и выйти. В остальном принципиальной разницы между этими фразами мы не видим.

Точка после кавычек в данном случае не нужна, т. к. прямая речь заканчивается многоточием. В противном случае точка после кавычек ставилась бы.