Правильно: Он щелкал ими по клавиатуре.

Запятая ставится (и наоборот замещает целое предложение).

В тексте договора (в приведенном примере) возможно написание дополнительное с прописной (большой) буквы. Слова договор, дополнение пишут с прописной в качестве сокращенного наименования, указывая в начале документа  после полного наименования в скобках: (далее Договор).

Предлагаем вариант: Нет такой науки, в которой понятия – причина и следствие, основной фактор и производный от него –  были бы настолько переплетены между собой, как в философии.

Ситуация крайне сложная. Орфографически правильно писать параолимпийский. Такое написание, действительно, зафиксировано в академическом «Русском орфографическом словаре» и других словарях. Оно объясняется этимологией слова (слово образовано от олимпийский с помощью приставки пара-). Но, к сожалению, написание паралимпийский, которое лингвисты считают безграмотным, проникло в официальные документы органов государственной власти и сейчас узаконено. В. В. Лопатин, ответственный редактор «Русского орфографического словаря» и председатель Орфографической комиссии РАН, говорит об этом так: «У нас появилась Лимпиада».

Да, слова по утверждению Р. Инглегарта корректно выделить как вводные.

Точка в конце предложения не ставится.

К сожалению, с таким юридическим "разрешением" мы не знакомы.

А. Э. Мильчин в "Справочнике издателя и автора" отмечает, что "сокращение г. (город), как и полное слово, рекомендуется употреблять ограниченно, главным образом перед названиями городов, образованными от фамилий (г. Киров)".

Таким образом, правильно и общеупотребительно: Москва, в Москве. А варианты в г. Москве, в городе Москве  следует характеризовать как специфически-канцелярские (т. е. употребительные лишь в официально-деловой речи).

Рекомендуется использовать кавычки разного рисунка. Подробно см. в Письмовнике.

Извините за задержку с ответом.

Дефис не нужен. Правильно: МХАТом руководит...