Вид внешности — не только не синоним словосочетания внешний вид: такое словосочетание кажется просто маловероятным и не вполне осмысленным. Но из этого не следует, что внешний вид является неделимым словосочетанием. Достаточно увидеть, что вполне осмысленно и предложение Его вид меня поразил, в котором нет прилагательного внешний, чтобы убедиться в том, что подлежащим является вид, а внешний — обычное определение к нему. Словосочетание внешний вид является устойчивым, оно широко распространено, но устойчивые словосочетания не следует смешивать с синтаксически цельными (нечленимыми) словосочетаниями.

Интересный вопрос. Видимо, зараза здесь в более общем значении 'то, что разит кого-либо' (ср.: любовь сразила); 'то, что передается от человека к человеку'. В словаре Даля отмечено диалектное заразиться 'влюбиться'.

Вы абсолютно правы в том, что в этом предложении возможно двоякое толкование сочетания так(же). Однако при таком порядке слов более удачным представляется вариант с раздельным написанием. 

Оба сочетания правильны. Ср.: Когда корабль идет по одному направлению, то впереди его находится одна и та же струя; когда он часто переменяет направление, то часто переменяются и бегущие впереди его струи. Л. Толстой, Война и мир. По какой реке твой корабль плывет // до последних дней из последних сил? // Когда главный час мою жизнь прервет, // вы же спросите: для чего я жил? Б. Окуджава, По какой реке твой корабль плывет...

Действительно, в этом предложении частица не относится не к сказуемому-существительному обитатели, а к определению единственные. Такие случаи не кодифицированы справочниками по русской пунктуации.

Слово устав пишется с прописной буквы как первое слово полного названия в текстах любых стилей и жанров, напр.: Ус­тав внутренней службы Вооруженных сил, Устав гарни­зонной и караульной служб Вооруженных сил, Устав СНГ, Устав ООН, Устав Пермской облас­ти. Не в начале названия: Морской устав (ист.), Сту­дийский устав (церк.), Транс­портный устав железных до­рог РФ.

В деловой письменности сложилась довольно устойчивая тенденция писать с прописной буквы слово устав, а также слова положение, регламент, постановление и под. в том случае, если они используются вместо полного названия соответствующего официального документа. Но в правилах орфографии эта тенденция пока не облечена в форму предписания, а значит, правилам соответствует написание и со строчной буквы.

В остальных случаях правильно писать слово устав и под. со строчной, например в художественной литературе, публицистике.

Нам представляется, что никакого искажения смысла не произойдет даже в том случае, если читатель отнесет местоимение им к существительному глаза, а не к существительному мухи. 

В приведенных Вами вопросах речь идет о похожих, но все же разных ситуациях. 

1. Предложения со схемой А: «П?», где прямая речь — вопросительное предложение. Приведем примеры.  

Смотрю вслед ему и думаю:«Зачем живут такие люди?»

Только один раз мы встречаемся с Лукьян Лукьянычем (я ещё его не знал тогда), он и говорит: «За кем вы здесь волочитесь?»

2. Предложение имеет ту же схему А: «П?», но прямая речь, представляющая собой вопросительное предложение, содержит название, заканчивающееся вопросительным знаком.

Он меня спросил: «Ты читал роман "Что делать?"»

Если бы название было включено в прямую речь — повествовательное предложение, то точка бы стояла. 

Он сказал мне: «Я не читал роман "Что делать?"».