Обороты с производными предлогами, например с предлогом в соответствии с, обычно обособляются, если находятся не в начале и не в конце предложения (факторы, влияющие на постановку знаков препинания при таких оборотах, перечислены в приложении к справочнику по пунктуации). В Вашем случае обособить оборот целесообразно еще и для удобства чтения.
Как выяснилось в данном случае вводное сочетание, не образующее тесной связи с союзом а (сравним: Глеб боялся начальника, а это было излишне). Вводные сочетания выделяются с двух сторон запятыми: Ещё вчера Глеб боялся начальника, а, как выяснилось, это было излишне: шеф был неконфликтным, даже вроде готовым пойти на уступки.
Синонимические отношения между определениями могут возникнуть в контексте, сравним примеры, приводимые в пункте 4 параграфа 10.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: с чудесной, почти волшебной лёгкостью; сплошная, беспросветная тьма и т. д. В Вашем случае между определениями усматриваются также градационные отношения (см. пункт 6 того же параграфа).
В русском языке существует несколько подходов к морфемному (словообразовательному) разбору слова. Однако в данном случае мы расхождений между словарями З.А. Потихи и А.Н. Тихонова нет. См. в словаре Тихонова: подо'б/и/е [й/э], подо'б/н/о, подо'б/н/ый.
В предложении Книга была длинная, но интересная одно сказуемое со связкой была и однородными именными частями. Предложения Подпустить врага и огонь дать по команде! и Встань и иди сложные: в каждом из них две грамматические основы. В первом случае это односоставные инфинитивные, во втором — односоставные определенно-личные предложения.
Наличие обращения в начале предложения не отмечается в справочниках в качестве фактора, влияющего на постановку тире между подлежащим и сказуемым-существительным. Факторы, действительно влияющие на постановку или непостановку тире в таком случае, перечислены в параграфе 15 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).
Вы правы, корректно слитное написание. С существительными, прилагательными, наречиями на -о не пишется слитно, если слово с не можно заменить близким по значению словом без не (в данном случае, как Вы верно указываете, – простой, обыденной). Такая возможность как раз и говорит о том, что не – приставка, образующая особое слово.
Тире ставится перед сказуемым, присоединяемым к подлежащему словами вот, это: Мы – это Россия. Если слова это нет, тире не требуется: тире между подлежащим и именным сказуемым не ставится, если подлежащее выражено личным или указательным местоимением: Я царь горы. Но при логическом подчеркивании тире и в этом случае возможно.
Общее правило таково. В сложносочиненном предложении перед союзами и, да (в значении и), или, либо запятая не ставится, если части предложения объединены каким-либо общим элементом. В некоторых случаях общим элементом может быть частица (ограничительная, усилительная, выделительная).
В данном случае общим элементом является частица только, поэтому запятая не стоит.
Определительный оборот, стоящий после неопределенного местоимения (в данном случае – что-то), обычно не обособляется, так как образует одно целое с предшествующим местоимением. Но если смысловая связь между местоимением и следующим за ним определением менее тесная и при чтении после местоимения делается пауза, то обособление возможно. Окончательное решение – за автором текста.