В этом случае нужно закрыть ряд однородных согласованных определений после определяемого слова (а такие определения по правилам обособляются) и поставить знак между частями сложносочиненного предложения. Рекомендуем для разделения частей использовать тире, так как требуется передать быструю смену событий, а определения выделить запятыми: Вздох, тяжёлый и мрачный, — и я зажмуриваюсь, плотно сжав зубы.

По приведенной Вами ссылке можно прочитать формулировку, данную в «Правилах русской орфографии и пунктуации» 1956 года. Это же правило можно посмотреть в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под редакцией В. В. Лопатина, там в списке исключений слово вырост есть, как и другие слова, не упомянутые в справочнике 1956 года.

Позвонить, что — это, безусловно, ненормативная конструкция. Союзом что во всех примерах вводятся изъяснительные придаточные, а такие придаточные всегда распространяют слово (чаще всего глагол) со значением речи, мысли, чувства, волеизъявления (это основные группы). Такое слово может управлять не только придаточным, но и обычным дополнением: сообщить (почувствовать, подумать...) (что? о чем?) одну любопытную вещь (об одной вещи). Глагол позвонить таким управлением не располагает (невозможно *позвонить что или о чем), поэтому попытки присоединить к нему изъяснительное придаточное находятся за пределами нормы.

А вот глаголы телеграфировать и написать могут иметь как дополнение (такое дополнение называют делиберативным), так и изъяснительное придаточное, поэтому два последних примера вполне нормальны.

Сочетания со словом как не являются приложениями. Приложения — это согласованные определения, выраженные именем существительным (нераспространенное приложение) или именем существительным с зависимыми словами (распространенное приложение). Обороты со словом как выполняют в предложении роль обстоятельства или являются частью сказуемого. Пунктуация в этом случае подчиняется правилам, о которых Вы пишете (оборот обособляется, если имеет значение причинности, и не обособляется при значении 'в качестве'), но речь идет не о приложениях.

Корректно: Большая каменная река. Сочетание каменная река выступает как местный географический термин, собственно названием является слово Большая. 

Запятая после потому нужна. Составной подчинительный союз (потому что) расчленяется и запятая ставится между частями союза, если перед составным союзом есть усилительные, ограничительные и другие частицы, вводные слова, наречия (в данном случае – частица только).

Интересный вопрос. На наш взгляд, употребление кавычек здесь оправданно, ведь буквы О, Т, А есть и в кириллическом алфавите, и в латинском. Если мы напишем АО AlemGaz, читатель может не понять, что АО – это аббревиатура от акционерное общество, он может решить, что эти буквы – часть написанного латиницей названия. Поэтому корректно: АО «AlemGaz».

Не с неизменяемыми словами, употребляющимися в роли сказуемого, пишется раздельно: не прочь. Из этого правила есть исключения, но они немногочисленны, например: невдалеке, некстати.

Перед перечислением при отсутствии обобщающего слова двоеточие может ставиться в текстах деловых и научных. Ср.: На собрании присутствовали: студенты, аспиранты, преподаватели. В других случаях двоеточие обычно отсутствует: Великие гуманисты того времени подняли голос против турок. В защиту выступили Виктор Гюго, Чарлз Дарвин, Оскар Уайльду Лев Толстой, Федор Достоевский, Д. И. Менделеев, В. М. Гаршин, В. В. Верещагин (Сол.).

С прописной пишется первое слово и Россия: Федерация рестораторов и отельеров России.