Запятая не нужна. Предлог согласно управляет дательным падежом: «Экспертиза документов» согласно договору № 2345.
Правильно: согласно приказу, договору, распоряжению, штатному расписанию и т. д. Предлог согласно в современном русском языке требует дательного падежа, правильно: согласно чему, не чего. Уже в XIX веке конструкция согласно чего, то есть с родительным падежом, расценивалась как характерная примета официально-деловой, канцелярской речи. А в современном русском языке она не является нормативной и для официально-делового стиля. Сейчас правильно только согласно чему, то есть с дательным падежом.
На папке написано верно. Литературная норма: договоры. Вариант договора допустим только в непринужденной разговорной речи.
Верно: предварительный и основной договоры.
Следует выбрать форму множественного числа, так как при использовании единственного числа неясно, речь идет об одном договоре или о разных.