Действительно, отступления от этой рекомендации справочника весьма многочисленны. Следует придерживаться дефисного написания первой части фамилий Мак-, в том случае если нет устойчивой традиции слитного написания (фиксация в заслуживающих доверия словарях, энциклопедиях, специализированной литературе и т. п.).

Вы правы, в бумажном варианте словаря так же. Увы, ни одно издание не обходится без опечаток. В словаре-справочнике Е. А. Левашова "Географические имена. Трудные случаи употребления" также указано: Шлезвиг-Гольштейн, Шлезвиг-Гольштейна. Этой рекомендации и следует придерживаться.

Правильно: кеш. Колебания в написании недавно заимствованных слов и неодинаковая их фиксация в разных словарях (или разных изданиях одного и того же словаря) – вещь вполне естественная: слово осваивается в языке. В спорных случаях лучше придерживаться рекомендаций орфографического словаря.

Словари литературного языка фиксируют только прилагательное крупитчатый. Этой лексической нормы и нужно придерживаться. Слово крупинчатый встречается в текстах, чаще как характеристика снега, льда, дождя. Так что слово такое есть, но оно находится на периферии лексической системы русского языка. 

В «Словаре географических названий» А. В. Суперанской (М., 2013) указано, что в сочетании с некоторыми родовыми словами, среди которых есть термин поселок, топонимы обычно не склоняются. Полагаем, что указанной тенденции можно придерживаться и в сочетаниях с аббревиатурой пгт. 

Не следует забывать, что статья написана более чем пять лет назад. Мы согласны, что есть доводы и за написание со строчной буквы, и против. Но важнее - предупредить разнобой в написании, поэтому мы полагаем, что следует придерживаться рекомендаций орфографических словарей.

Интересное замечание, спасибо! Очевидно, вопрос требует более последовательного изложения, нежели в имеющихся справочниках по пунктуации. Пока же можно рекомендовать придерживаться разных стратегий при расстановке знаков препинания при вводных словах в  сложноподчиненных и сложносочиненных предложениях — в соответствии с формулировками двух названных справочников. 

Орфографическая комиссия РАН отдельно обсуждала написание слов такого типа и приняла решение придерживаться дефисного написания (хотя прежде в словарях рекомендовалось слитное). Дефис обусловлен наличием в первой части компонента -лог-. Наличие этого компонента влияет на дефисное написание именно прилагательных, поэтому пишется геолого-разведочный (хотя геологоразведка), патолого-анатомический (хотя патологоанатом).

Орфографически правильное написание — Российский международный олимпийский университет. В составных названиях организаций с большой буквы пишется только первое слово (и имена собственные, входящие в название). 

Видимо, в документах придется писать в соответствии с уставом, но за пределами юридически значимого контекста стоит придерживаться написания по орфографическому правилу.