Вы правы, при передаче устной речи вежливое вы, обращённое к одному человеку, принято писать со строчной буквы. Эта практика отражена, например, в многочисленных изданиях русской классической литературы.

Вводное словосочетание между нами будь сказано существует, употребляется в классической (например, у Л. Толстого и Салтыкова-Щедрина) и современной литературе. Также оно встречается в перечне вводных словосочетаний в справочнике Розенталя.

Фраза Все мы вышли из гоголевской «Шинели» означает, что расцвет русской классической литературы XIX века произошел во многом благодаря творчеству Н. В. Гоголя. Темы, поднятые Гоголем в повести «Шинель» («маленький человек», «Петербург»), стали на многие десятилетия ведущими темами русской литературы.

Классические правила типографики требуют, чтобы кавычки были того же начертания, что и заключенный в них текст. Если текст набран полужирным начертанием, то и кавычки должны быть такие же. Поэтому рекомендуем: ...слова «специальность „Филология“» указывают на то, что...

В прямой речи персонажей местоимение вы, даже обращенное к одному лицу и даже произносимое с подчеркнутым уважением, принято писать со строчной буквы: Молодой человек взволнованно произнес: «Я хочу быть вашим учеником». Такова практика русского письма, отраженная, например, в многочисленных изданиях классической литературы.

Ваше толкование этих слов не вполне верно. Да прибудет означает «пусть придет, увеличится», а да пребудет - «пусть будет (с кем-то), не покинет (кого-то)». Подробнее о значениях слов прибыть и пребыть можно прочесть в толковых словарях, в том числе на нашем портале.

Вы правы, тире может отсутствовать, если между подлежащим и сказуемым есть наречие (но тире может и ставиться, если того требует интонация).

В примере с корпускулой постановка тире оправданна: так традиционно оформляются дефиниции (словарные определения); тире в данном случае заменяет собой указательное слово "это".

В сочетании самый главный можно увидеть лексическую избыточность (главный — это уже самый важный, основной). Тем не менее сочетание это не ошибочно, оно широко используется и в живой речи, и в художественной литературе (как в классических, так и современных текстах). Слово самый здесь добавляет экспрессии, так что оно не лишнее.

Оборот сдержать слезы достаточно распространен. Сочетание остановить слезы, хоть и реже, но все же встречается в классической литературе: И внезапно каким-то необыкновенным усилием воли Женька так же неожиданно, как расплакалась, так и остановила слезы (А. И. Куприн. Яма),  «Нет, нет, я всё сделаю, ― сказала она, вдруг остановив слезы, ― я так счастлива!» (Л. Н. Толстой. Война и мир).

«Справочник по пунктуации», размещенный на нашем портале, составлен на основе тщательного изучения большого корпуса научной и словарно-справочной литературы, а также исследования примеров из классической и современной художественной литературы. Это исследование позволило пересмотреть некоторые рекомендации относительно пунктуационного оформления тех или иных слов и сочетаний. Авторы справочника сталкивались с такими ситуациями, когда слова, обычно описываемые как вводные, на практике почти никогда не обособлялись, и наоборот.