Да, слова кандидат наук, доктор наук, доцент, профессор пишутся строчными.

Запятые не нужны. Запятыми отделяются однородные наименования ученых степеней и ученых званий: доктор филологических наук, профессор.

Звания пишутся со строчной буквы, ср.: заслуженный деятель культуры, лауреат Нобелевской премии, доктор наук, профессор, член-корреспондент.

Профессор - это звание. Наименования ученых степеней и ученых званий и почетные звания выступают в общем ряду как однородные приложения и разделяются запятой.

Запятыми отделяются однородные наименования ученых степеней и ученых званий, почетные звания: доктор филологических наук, профессор. Но: декан факультета кандидат технических наук, доцент С. И. Сергеев.

Приложения, стоящие после определяемого слова, являются однородными (см. ответ № 216980).

Относительное прилагательное, производное от слова атаксия, ― атаксический. Например: Лечение применяется к пациентам со следующей симптоматикой: нарушения со спастическими и гипотоническими атаксическими компонентами, наряду с нарушениями правильной двигательной активности туловища, головы, рук и ног («Семейный доктор», 2002, № 4).

Директор – должность, академик – звание, доктор наук – ученая степень. Наименования ученых степеней и ученых званий и почетные звания выступают в общем ряду как однородные приложения. А должность и звание – неоднородные приложения. Поэтому первая запятая не нужна, вторая нужна: директор Института Европы РАН академик РАН, д. э. н. Николай Шмелев.

Да, запятые поставлены правильно.

Правилен второй вариант. Недопустимо слитное или дефисное написание с приставкой или первой частью сложного слова, если вторая часть содержит пробел, т. е. представляет собой сочетание слов. В этих случаях слитные или дефисные написания, рекомендуемые основными правилами, должны заменяться раздельными. Ср.: лже доктор наук, псевдо произведение искусства, теле круглый стол, мини стиральная машина.

Лучше расположить в таком порядке: командир отделения капитан И. И. Иванов.

Воинские звания, стоящие непосредственно перед фамилией, не являются однородными по отношению к предшествующим приложениям: командир соединения капитан 2-го ранга Е. Л. Леонов; профессор, доктор технических наук генерал-майор С. Г. Сорокин; Герой России, лётчик-испытатель 1-го класса, кандидат технических наук полковник Н. Н. Иванов.

Но: полковник медицинской службы, член-корреспондент АМН, профессор И. П. Петров — распространенное приложение, обозначающее воинское звание, не стоит непосредственно перед фамилией.