1. Неправильное употребление союзов и союзных слов проявляется в случаях повторения частицы бы в придаточных предложениях, в которых сказуемое выражено глаголом в форме условно-сослагательного наклонения (получаются сочетания чтобы... бы, если бы... бы), например: «Было выражено пожелание, чтобы контакты, установившиеся между российскими и американскими предпринимателями, получили бы свое дальнейшее развитие»; «Если бы предложения западных держав были бы приняты, положение могло бы измениться». Такие конструкции придают высказыванию разговорный характер. Ср.: Мне надо, чтобы каждое слово, каждая фраза попадала бы в тон, к месту (Короленко).

Конструкции типа Что было бы, если бы она его полюбила? вполне корректны. 

2. В предложениях с изъяснительными придаточными указательное местоимение в главной части является необязательным. Оно уместно в тех случаях, когда придаточное излагает не всё содержание чьей-то речи, а какой-то компонент этого содержания, причем говорящему желательно подчеркнуть именно то, что речь идет только об одном этом компоненте.

Например: Он сказал, что любит меня. — В этом случае говорящий считает изложение чужой речи достаточно полным и не выделяет в нем никаких компонентов. Включать в главную часть указательное местоимение (Он сказал то, что любит меня) нет никаких оснований, оно неуместно. Именно в таких случаях констатируют ошибку.

Но: Он сказал только то, что любит меня, но не сказал, что хочет жениться. — В этом случае местоимение то в главной части может быть сочтено уместным (хотя и обойтись без него можно: Он сказал только, что любит меня...).

Общий принцип очень прост: если без такого местоимения предложение в смысловом отношении ничего не теряет, то местоимение лучше и не использовать.

А вот пример контекста, в котором обойтись без местоимения трудно. Это контекст с контрастом:

На прошлом уроке мы говорили о начале Бородинского сражения. А вот о том, чем оно закончилось и каковы для русской армии были его последствия, мы поговорим сегодня.

Правильно: Нет ни одной школы, где бы он не побывал.

Да, это вводное слово следует обособлять: Вы удивитесь, как может звучать, казалось бы, знакомый инструмент.

Корректная пунктуация: И вроде бы да, и вроде бы нет. Трудно понять.

Правильно: Сколько бы нам ни было лет...

Противоречия между этими правилами нет. В предложениях типа Он всем оказывал помощь советом, кто бы к нему ни обращался частица ни действительно входит в состав уступительного придаточного. В предложениях типа В нашей округе, пожалуй, нет никого, кто бы к нему не обращался за советом придаточное определительное. 

Верно: Как бы тяжело ни было, как бы ни мучил вас внутренний голос, что этого делать не надо.

Вы правы, предложение следует дополнить. Также рекомендуем изменить порядок слов, например: Учитывая изложенное, полагал бы целесообразным снять обращение с контроля.

Возможно, здесь лучше использовать форму полагаю вместо полагал бы, но это зависит от контекста.

Правильно: Это было бы хорошо, не будь это так плохо.