Обособлять слова в целях однозначного толкования можно обособить, но это необязательно.
Во втором предложении лишняя запятая. Верно: Они хотят, чтобы дети заботились о других и вместе с тем могли постоять за себя. Чтобы они были независимыми и вместе с тем умели строить взаимовыгодные плодотворные отношения.
Это не так.
Авторы «Словаря грамматических вариантов русского языка» (3-е изд. М., 2008) Л. К. Граудина, В. А. Ицкович, Л. П. Катлинская соглашаются с общим выводом, сделанным Д. Э. Розенталем: «...путь развития форм на -ен и на -енен был таким: от более древней формы на -ен, восходящей к старославянскому языку, к форме на -енен, а затем возврат к форме на -ен в наши дни».
В словаре отмечено, что «для прилагательных с безударным суффиксом более перспективными представляются краткие формы на -ен, а не на -енен, хотя последние тоже возможны как в письменной, так и в устной речи». При этом несколько прилагательных с ударением на суффиксе в краткой форме употребляются преимущественно с концовкой -енен: надменен, неприкосновенен, несомненен, обыкновенен, откровенен, почтенен, проникновенен, современен. Вместе с тем для структурно одинаковых с ними прилагательных «высокого стиля» большей частью краткая форма в словарях или не зафиксирована, или представлена лишь в форме на -ен (благословенный, вдохновенный, дерзновенный, незабвенный, сокровенный).
Таким образом, в современном языке у многих прилагательных есть варианты, где-то всё еще предпочтительна (или даже единственно верна) форма на -енен, но всё-таки общее направление движения – в сторону преобладания вариантов на -ен.
В данном случае слова в свою очередь следует выделять запятыми как вводные.
Написание зависит от смысла. Если подчеркивается отрицание, следует писать раздельно. Если утверждается отрицательный признак, следует писать слитно. Выбор делает автор текста.
Знак препинания не нужен, т. к. для него нет оснований. Можно сравнить с близким по значению оборотом вместе с тем. Обратите внимание, что вкупе пишется слитно.
Запятая не нужна.
Слова вместе с тем не выделяются запятыми. Запятая после этих слов не нужна.
Это сочетание ввел в оборот именно Лермонтов. «Оскорбительно-дерзкое и вместе с тем проникнутое душевной болью определение родной страны ("немытая Россия") представляло собой исключительную по поэтической выразительности и чрезвычайно емкую историческую характеристику, вместившую в себя всю отсталость, неразвитость, иначе говоря нецивилизованность, современной поэту России, – пишет "Лермонтовская энциклопедия" (М., 1981). – ...Слова "немытая Россия" закрепились в сознании многих поколений русских людей как афористическое выражение бедственного состояния родины».
