Корректно по всему тексту писать Айболит без кавычек. В рамках рассказа Айболит становится прозвищем данного персонажа, и нет необходимости всякий раз подчеркивать кавычками условность этого наименования.

Такого правила не существует (во всяком случае, нам оно неведомо). Можно говорить разве что о традиции, которая возникла, вероятно, по двум причинам: во-первых, практически все женские имена в русском языке заканчиваются на -а, -я, то есть это является их отличительным признаком; во-вторых же, добавление гласного к именам, в оригинале оканчивающимся на глухой согласный, удобно в целях благозвучия, легкости произнесения. При этом в современной практике употребления существует множество иностранных женских имен, которые оканчиваются на согласный: Клер, Джун, Эдит, Ирен и т. п.

К японскому имени Карин точно не стоит добавлять -а, дабы оно не совпало с именем Карина, имеющим иное происхождение.

Существительным километр управляет слово тысяча, которое по своим грамматическим свойствам является существительным. Форма управляемого существительного во всех сочетаниях с главным словом тысяча сохраняется: тысяча километров, в тысяче километров, в двух тысячах километров, двумя тысячами километров, но в двух километрах, двумя километрами (два — числительное, а в формах косвенных падежей числительное согласуется с существительным, а не управляет им). О грамматических свойствах числительных и слов тысяча, миллион, миллиард и т. п. можно прочитать в учебниках русской грамматики, например в учебнике Е. И. Литневской на нашем портале.

Оба варианта возможны. Выбор первого варианта, как сообщается в пособиях по практической стилистике русского языка, определяют грамматические особенности сочетания, в котором общее определение (в этом случае какую) предшествует однородным членам предложения, выраженным существительными с различающимися формами числа. Согласование с ближайшим существительным — таково логичное синтаксическое решение. Но в иных случаях автор выбирает второй вариант, так как стремится подчеркнуть отнесенность определения в форме множественного числа ко всем определяемым существительным. Этот выбор оправдан заботой о ясности и однозначности высказывания (что весьма важно, в частности, в текстах документов).

Слово торг, обозначающее действие по глаголам торговать и торговаться, имеет постоянное ударение на корне (форм множественного числа нет). Слово торги́ в значении ‘аукцион’ имеет постоянное ударение на окончании в формах множественного числа. Слово торг в значении ‘место торговли, рынок’ в единственном числе имеет ударение на корне (но в предложном падеже: о то́рге и на торгу́), а в формах множественного числа — на окончании. Советизм торг ‘торговая организация’ имеет постоянное ударение на корне во всех формах единственного и множественного числа.

Если говорить о правильности получившейся фразы, то вызывает сомнения употребление слов дивно пахучий.

Для запятых в этом предложении нет оснований.

В данном предложении запятая между союзами "но" и "когда" ставится потому, что здесь имеется сочетание сочинительного союза "но" с подчинительным союзом "когда".  Внутри второй части предложения "Он продолжал путь, но... неожиданно шина свистнула и осела" находится придаточное времени "когда оставалось всего двенадцать верст". Запятая разделяет главное и придаточное предложения. 

Действительно, вопрос нетривиальный. С читательской точки зрения, как нам кажется, лучше будет восприниматься такое заглавие: Русский (остров). Ведь в традиционном, бумажном издании читатель искал бы статью на букву "Р", значит, с нее и должно начинаться заглавие. А скобки отражают современное употребление: чаще приходится слышать сочетание остров Русский, чем Русский остров.

Напротив, такие сочетания, как Крысий остров, Большое Медвежье озеро (употребляющиеся именно с таким порядком слов), разумно писать без скобок, оставляя слова остров, озеро. Сравните: в традиционной энциклопедии – БСЭ – статья называется Большое Медвежье озеро, нет причин отказываться от такого представления заголовочного слова и в Википедии.