В справочнике Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке» указано, что с существительными и местоимениями 3-го лица правильно: скучать по кому-чему, например: скучать по сыну, скучать по нему. Но с личными местоимениями 1-го и 2-го лица мн. числа правильно: скучать по ком, например: скучали по нас, скучаем по вас.

А вот вариант скучать за кем-либо, о котором тоже довольно часто спрашивают, не является нормативным, выходит за рамки русского литературного языка.

Стилистически сочетание, конечно, неудачное. Отметим, что такие вопросы возникают не только у Вас. Вот мнение известного писателя Ю. М. Полякова, главного редактора «Литературной газеты»: Просто некому теперь объяснить автору, что сердца всё-таки «стучат», а не «звучат», что если свобода «заставляет», то это очень подозрительная свобода, ведь именно «тоталитарные режимы» «заставляют в унисон звучать сердца», а свобода как раз предполагает вполне самостоятельные ритмы сердечных мышц. (из статьи «Песней по жизни»).

Слова вода и водка исторически родственны, но сейчас их вряд ли можно признать однокоренными, значение слова водка невозможно истолковать через значение слова вода. Приведем статью из этимологического словаря Н. М. Шанского и Т. А. Бобровой.

Во́дка. Искон. Суф. производное от вода. Первоначальное значение «спиртовой лекарственный настой» (на травах). Значение «водка», очевидно, возникло у этого слова под влиянием польск. wódka — свободной кальки лат. aqua vita «алкоголь» (буквально — «вода жизни»).

Правильные варианты помогает выбрать знание падежных окончаний. Каждый из примеров (кроме последнего, правильно: при взаимодействии) следует рассматривать в контексте. В первом, четвертом и пятом примерах могут быть формы как винительного, так и предложного падежа. Во втором и третьем примерах это может быть как падежные формы существительных, так и предлоги. От этого зависит и выбор окончаний. Подробно о склонении существительных см. в пособии Е. И. Литневской (тип «пение»).

Ваше мнение о написании слова вполне обоснованно. Однако авторы "Русского орфографического словаря" объясняют вариант с одной л орфографическим прецедентом — наличием слова онколь, это финансовый термин, который восходит к англ. on call и который давным-давно есть в наших словарях. То есть у нас есть прецедент, когда англ. call передается с одной л, и это написание давнее и устойчивое. Вот это и послужило основанием для фиксации кол-центр.

Верно без запятой: Они разговаривали с ним как с хорошо знакомым человеком. В этом случае оборот с союзом как употреблен при сказуемом, требующем конкретизации, имеет значение отождествления или приравнивания, как в примерах: Вот почему она смотрела на землю как на юдоль скорби (Нов.-Пр.); Она воспринимала мать как старшую сестру и т. п. См. параграф 90 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. 

Трудно дать однозначный ответ, не зная контекста. Если это прозвище доктора, которое функционирует как имя (в том числе, например, имя персонажа художественного произведения), правильно писать оба слова с прописных, например: «Вот и всё», — сказал Умелые Руки, закончив перевязку. Если же речь о том, что доктор умелец, корректно строчными, например: Василий у нас доктор «умелые руки», советую к нему обратиться. Ср. также: доктор у нас умелые руки.

Здесь союзное слово кто действительно присоединяет придаточную часть, вот только заканчивается эта придаточная часть перед точкой, сказуемые участвовал и сбежал однородны, относятся к подлежащему кто. Необходимо выделить парными знаками приложение дворцовый переворот (с зависимыми словами), которое поясняет существительное заговор: Серж был банкиром, коллекционером картин и праправнуком генерала Л. Л. Беннигсена, того самого, кто участвовал в заговоре — дворцовом перевороте 1801 года против императора Павла I — и потом сбежал из России.