В первом предложении возможно двоякое понимание оборота с союзом как: если как сорняк = «в качестве сорняка», запятая не нужна; если как сорняк = «так же, как это делает сорняк» (то есть имеет место сравнение), запятая нужна. Во втором предложении возможно только одно понимание оборота — как сравнительного и требующего обособления.
Правилам соответствуют написания прилагательных обыденно-эмпирический и частнонаучный: первое из них образовано от слов, обозначающих равноправные понятия (обыденный и эмпирический), второе — от основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер (частные науки). О написании прилагательного естественно-научный см. комментарий на орфографическом академическом ресурсе «Академос». По аналогии с естественно-научным закономерно и написание естественно-природный.
Четыре сказуемых в этих строках образуют пары, внутри которых смысловые связи более тесные, чем между парами. Они словно рисуют две картинки, сменяющих одна другую: первая - героиня сидит и разбирает письма, вторая - берет в руки охапку и бросает. Чтобы эти смысловые отношения и соответствующую им интонацию отразить на письме, нужна запятая между парами.
Слово секретариат пишется с прописной буквы как первое слово официального названия организационно-руководящего органа международного объединения, например: Секретариат Совета Европы. В значении "отдел учерждения, организации; орган совещания, конференции и т. п." слово секретариат пишется со строчной буквы: секретариат съезда.
Действительно, одним из возможных критериев постановки кавычек в словах, употребляемых не в своем обычном значении, является критерий словарной фиксации: если слово (словосочетание) зафиксировано в словарях, значит, его употребление в данном значении уже не является непривычным, особым, новым и целесообразно писать его без кавычек. Словосочетание черный список зафиксировано толковыми словарями русского языка, поэтому кавычки не нужны.
Приведенные Вами сочетания могут использоваться как описательные обороты или как неофициальные названия. В первом случае сопоставление с сочетанием российское правительство корректно, ср. также: останкинская усадьба (усадьба Останкино), альпийский хребет (Альпы — горный хребет). Названия Внуковский аэропорт и Шереметьевский аэропорт зафиксированы в словаре В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?» (М., 2011).
Запятая нужна. В первом предложении это запятая после обстоятельства теперь перед придаточной частью, присоединенной одиночным союзом когда. Во втором предложении это запятая после сочинительного союза однако и перед подчинительным союзом как только в начале предложения: в таких случаях запятая «обычно ставится» (пункт 4 параграфа 36.5 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).
В словах ёлочка и ошибочка по два суффикса -оч- и -к-. Оба слова образуются от слов, в которых уже есть суффикс -оч-, имеющий форму -(о)к-: ёлка (нет ёлок) > ёлочка, ошибка (нет ошибок) > ошибочка. В первом суффиксе о — беглая гласная и к чередуется с ч, поэтому он имеет три варианта: -к-, -ок-, -оч-.
Корректно: Деятельность компании регулируется региональной энергетической комиссией – департаментом цен и тарифов Краснодарского края. При этом не в официальных документах слова департамент цен и тарифов, по-видимому, можно опустить, т. к. в положении о комиссии фигурирует только первая часть названия. О том, как называть комиссию в документах, будет правильно уточнить в самой комиссии, обратившись туда напрямую.
Строго говоря, приведенные Вами сочетания не являются предложениями: в них нет грамматической основы. Первое из них можно достроить до предложения, например, таким образом: Как всегда грустный, в наушниках, с отсутствующим взглядом, он прошел мимо (вводное сочетание как всегда относится к обособленному определению и выделяется вместе с ним). Во втором случае верно писать много чего.
