Долгое время считалось, что нельзя начинать предложение со слова также. При этом на практике также (которое может быть наречием или союзом) является одним из самых употребительных средств связи предложений в современных русских текстах и часто встречается в начале предложения как в письменных, так и в устных жанрах. Употребление также в начале предложения связывают с влиянием иностранных языков и полагают калькой английского also, отделяемого запятой. Также выполняет анафорическую функцию в значениях близким к частицам еще и кроме того. Н.А. Дьячкова в статье «Также никогда не начинай предложение с также» приводит следующее правило: «Начинать предложение с союза "также" можно. И, хотя такой порядок слов не всегда бывает удачным со стилистической точки зрения, всё же это не ошибка. С наречия "также"начинать предложение нельзя, потому что при таком порядке слов нарушаются логические связи между соседними предложениями». Однако наречие также можно сочетать с союзами а, и, но с присоединительным значением: И также ― определенный сдержанный минимальный лиризм… некая форма минимализма… (И. А. Бродский, Е. Петрушанская).

Допустимым является употребление в начале предложения союза также, выражающего значение «добавление к сказанному»: Я наслаждался мирно своим трудом, успехом, славой; также трудами и успехами друзей (А.С. Пушкин). В таком случае возможна иная пунктуация: Я наслаждался мирно своим трудом, успехом, славой. Также трудами и успехами друзей. Но данный пример представляется «слишком искусственным» и неудачным. В устной же речи начальное также — заполнитель паузы, которая по некоторой причине может быть необходима говорящему во время порождения монолога. Помимо этого, также может быть уместно, если следующая за ним часть распространяет предшествующую в рамках тех же смысловых отношений, а само это слово выступает в качестве присоединительного союза: Он был высокий, пропорционально сложённый мужчина, с крупными, правильными чертами смугло-матового лица, с ровной, красивой походкой, с сдержанными, но приятными манерами <…> Также с изысканными жестами и приятным голосом. В каждом случае важно учитывать контекст: союз также корректен, если он близок по значению к «кроме этого», а предложение является примечанием или пояснением к уже сказанному: Также раздел услуг пополнился новыми предложениями наших партнёров.

Возможные варианты: Таким образом, ряд параметров для каждого компонента (фазы), например плотность, скорость, давление, не являются непрерывными функциями координат и Таким образом, ряд параметров для каждого компонента (фазы), например: плотность, скорость, давление –  не являются непрерывными функциями координат.

После глагола выявить запятая нужна, так как далее начинается придаточная изъяснительная часть, зависящая от этого глагола. Обратите внимание, что деепричастный оборот основываясь на функциональном строении мозга образует не предусмотренную автором связь со сказуемым может сказываться. Рекомендуется отредактировать предложение, например: Нейропсихологическая диагностика, которая основывается на функциональном строении мозга, помогает выявить, с какими высшими психическими функциями (внимание, восприятие, память, речь, мышление) у ребенка есть трудности, что может сказываться на учебном процессе.

Причастный оборот не может быть отнесен к союзу. Предложение в граматическом отношении не безупречно, но тем не менее однозначно: причастные обороты характеризуют существительное оборудование.

В современном русском письме такие написания не приняты. Корректно писать просто город Москва. Обозначить в документе тождество развернутого и краткого наименования можно с помощью конструкции: город федерального значения, административный центр Центрального федерального округа и центр Московской ...Москва (далее — город Москва).

Предложение Просьба освободить вагоны корректно, соответствует нормам русского литературного языка. Случаи, когда в предложении нет спрягаемой формы глаголы, бывают, и очень часто. По своей синтаксической структуре Просьба освободить вагоны – односоставное номинативное предложение. В школе обычно предлагают запомнить так: номинативное (назывное) предложение – это предложение, в котором есть только подлежащее и нет сказуемого, но скажем точнее: в номинативном предложении предикативную основу образует имя существительное в форме именительного падежа.

Номинативные предложения могут быть нераспространенными (Тишина. Мороз.) и распространенными. Просьба освободить вагоны – распространенное номинативное предложение, в котором инфинитив освободить выступает в роли несогласованного определения: просьба (какая?) освободить. Употребление в роли определения весьма характерно для инфинитива, ср.: желание (какое?) любить, аналогично наука побеждать, радость творить, мужество остаться.

Прежде всего отметим, что словосочетание правила русского языка не вполне корректно: о правилах можно говорить применительно не к языку, а к правописанию (правописание и язык – не одно и то же, хотя в школе на уроках русского языка учат главным образом правильному письму, поэтому у многих и создается впечатление, что изучение языка – это изучение правил орфографии и пунктуации). Применительно к языку следует говорить о нормах – в данном случае (если речь идет о роде слова кофе) нормах грамматических. Нормы фиксируются словарями и грамматиками, и фиксация нормы, разумеется, всегда вторична: не «так говорят, потому что так в словаре», а «так в словаре, потому что так говорят».

Главная особенность нормы – ее динамичность. Если в языке ничего не меняется, значит язык мертв. В живом языке постоянно рождаются новые варианты и умирают старые; то, что вчера было недопустимо, сегодня становится возможным, а завтра – единственно верным. И если лингвист видит, что норма меняется, он обязан зафиксировать это изменение. Появление в языке новых вариантов, действительно, приводит (со временем, иногда спустя очень долгое время) к их фиксации в словарях – это не «подгонка правил под ошибки», а объективная фиксация изменившейся нормы; по словам известного лингвиста К. С. Горбачевича, научная деятельность не должна сводиться «ни к искусственному консервированию пережитков языка, ни к бескомпромиссному запрещению языковых новообразований». В то же время словари, в которых зафиксированы языковые варианты, должны выполнять нормализаторскую функцию, поэтому в них разработана строгая система помет: какие-то варианты признаются неправильными, какие-то допустимыми, а какие-то – равноправными. И это, пожалуй, самое сложное в работе лингвиста–кодификатора: определить, какие варианты сейчас можно считать допустимыми, а какие – нет. Эта работа, разумеется, всегда вызывала и будет вызывать критику, поскольку язык – это достояние всех его носителей и каждого в отдельности.

Таким образом, фиксация новых вариантов, ранее признававшихся недопустимыми, – это не самоцель для лингвиста, а его обязанность, часть его работы (не случайно В. И. Даль писал: «Составитель словаря не указчик языку, а служитель, раб его»). Вместе с тем лингвист обязан отделить правильное от неправильного, нормативное от ненормативного и дать рекомендации относительно грамотного словоупотребления (т. е. все-таки стать указчиком – для носителей языка). Критериев признания правильности речи, нормативности тех или иных языковых фактов несколько, при этом массовость и регулярность употребления – только один из них. Например, ударение звОнит тоже массово распространено, но нормативным в настоящее время не признается, поскольку такое ударение не отвечает другим критериям, необходимым для признания варианта нормативным. Хотя очень вероятно, что  со временем такое ударение и станет допустимым (а через пару столетий, возможно, и единственно верным).

После этого долгого, но необходимого предисловия ответим на Ваш вопрос. Употребление слова кофе как существительного среднего рода сейчас признается допустимым в непринужденной разговорной речи. На письме (а также в строгой, официальной устной речи) слово кофе по-прежнему следует употреблять как существительное мужского рода – такова сейчас литературная норма.

Сравнительного оборота и сравнительного союза здесь нет. Союз (или союзное речение) как и выполняет функцию сочинительного соединительного союза, имеет присоединительно-отождествительный оттенок. В целом же перед нами конструкция с однородными сказуемыми, связанными этим союзом.

При этом см: 

Справочник по русскому языку. Пунктуация. Д. Э. Розенталь//РАЗДЕЛ 11 Знаки препинания при оборотах, не являющихся придаточной частью сложноподчиненного предложения, § 42.3

Здесь сказано: 

Запятыми выделяются или отделяются сравнительные обороты с союзом как в случаях, если оборот начинается сочетанием как и: К Москве, как и ко всей стране, я чувствую свою сыновность, как к старой няньке (Пауст.); В её глазах, как и во всём лице, было что-то необычное; Дети, как и взрослые, должны быть приучены к соблюдению правил общежития; Как и на прошлогодних соревнованиях, впереди оказались спортсмены Российской Федерации.

Как видим, все же существует точка зрения, признающая подобную конструкцию сравнительным оборотом, однако нам она не кажется верной, потому что идеи сравнения в этой конструкции нет, а есть идея присоединения с сопутствующим отождествлением. Конструкция с подлинным сравнительным оборотом не допускает замены сравнительного союза (подчинительного!) обычным соединительным и (сочинительным!):

Тебя ж, как первую любовь, России сердце не забудет! (Тютчев). 

Попробуйте произвести здесь подобную замену — ничего не получится. А в разбираемой конструкции это происходит безболезненно:

Она не ответила мне и не прекратила своего движения по комнате, но я разобрал слова;

К Москве и ко всей стране я чувствую свою сыновность;

В ее глазах и во всем лице было что-то необычное;

Дети и взрослые должны быть приучены…

При этом оттенок присоединительности (то есть добавочного попутного сообщения) и отождествления пропадает — следовательно, именно этот оттенок вносится союзом (или союзным оборотом) как и.

Единственный пример, в котором такая замена не проходит, — последний: Как и на прошлогодних соревнованиях… Причина в том, что здесь нет однородных членов. Если представить себе, что есть подразумевамое, но опущенное На нынешних соревнованиях, как и на прошлогодних, … замена оказывается возможной.

Можно полагать, что во всех этих случаях мы имеем дело с результатами компрессии (сжатия) исходной сложноподчиненной местоименно-соотносительной конструкции отождествительного типа (правда, при «восстановлении» такой конструкции приходится менять порядок слов):

Она не ответила мне так же, как и своего движения по комнате не прекратила …

Я чувствую сыновность к Москве так же, как и ко всей стране [чувствую];

В ее глазах так же, как и во всем лице, было что-то необычное и т. д.

Придаточная часть в этом случае, как правило, оказывается неполной (в ней может быть опущен весь грамматический центр).

Но как только в первой части исчезает указательное местоименное наречие так, соотносенное с относительным мест. нар. как в придаточной части, исчезает и тот стержень, на котором держится вся сложноподчиненная местоименно-соотносительная конструкция, и мы получаем то, что уже охарактеризовано выше.