Запятые нужны: Он подал, что было велено, и уже собрался было уйти, но...

Запятая нужна: это сложносочиненное предложение, части которого соединены неповторяющимся союзом И: Он отказывается от борьбы, и ему не нужна правда.

В предложении Он не поинтересовался, как у меня дела запятая ставится, так как это сложноподчиненное предложение. Предложение Он заносчив и эгоистичен и не способен на дружбу, хотя бы самую малую построено и оформлено корректно. Сомнения может вызвать, очевидно, повторение союза и: здесь первый союз и соединяет сказуемые заносчив и эгоистичен, второй — соединяет сочетание заносчив и эгоистичен с сочетанием не способен на дружбу. Оба упомянутых правила приведены в справочнике по пунктуации Д. Э. Розенталя (см. параграф 33.1 и параграф 13.8).

Книги, в которой были бы все ответы на вопросы по пунктуации, не существует: учесть всё многообразие человеческой речи, в передаче которой большую роль играют знаки препинания, едва ли возможно. Вместе с тем основные правила всё-таки приведены в справочниках. Кроме справочника Д. Э. Розенталя, это полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина, а также «Справочник по пунктуации» на нашем портале. 

Запятые нужны, поскольку это предложения со сравнительными оборотами: Он укрыл меня своим плотным, как брезент, халатом. В квартире было сумрачно, как в каком-то заброшенном сарае.

После второго (здесь — последнего) из дополнений, связанных повторяющимся разделительным союзом то ли... то ли..., запятая не требуется: Он показал весь уровень презрения то ли ко мне, то ли к ситуации в целом и покинул кабинет. Этот ряд дополнений, представляющий собой догадки автора, сопровождающие описание реальной ситуации, можно также оформить как вставную конструкцию: Он показал весь уровень презрения — то ли ко мне, то ли к ситуации в целом — и покинул кабинет.

Запятая обязательна: Эксперт объяснит, что делать директору, когда он «буксует», и перечислит условия для успеха. В противном случае окажется, что перечислит не эксперт, а директор. 

После последнего однородного члена предложения, присоединяемого противительным или подчинительным союзом и не заканчивающего собой предложения, запятая не ставится, то есть он не обособляется: Он помог сотням, если не тысячам человек.

Оборот со словами несмотря на может не обособляться только в случае, если он стоит непосредственно после глагола: Он это сделал несмотря на запрет врачей. В приведенном предложении оборот обособлен верно.

Возможны варианты: налил кефира, налил кефиру (вариант с -у разговорный), налил кефир (если имеется в виду весь имеющийся кефир).

Знаки препинания расставлены корректно. Заметим, однако, что более удачным было бы разделить это предложение на два: Он смотрит на меня ни живой ни мертвый. «Как тебе удалось?» — спрашивает.