В словарной статье, которую Вы приводите, зафиксирована норма: это название склоняется. Подробный ответ см. в разделе «Азбучные истины».

Авторы статей в газете «Санкт-Петербургские ведомости» используют окказиональное прилагательное, или, иными словами, индивидуально-авторское производное слово. Это сложное прилагательное более никем не употребляется (нам, во всяком случае, подтверждающих примеров найти не удалось). В профессиональной речи между тем встречаются сложные прилагательные с основой силикат: силикатно-полимерный (состав), силикатно-фосфатный (материал), силикатно-эмалевое (покрытие), силикатно-щелочной (электролит), силикатно-никелевые (руды), силикатно-карбонатный (сорбент), сульфидно-силикатное (расслоение), карбонатно-силикатные (минералы), сульфидно-силикатно-карбонатная магма. Очевидно, что в сложных прилагательных соединены основы наименований материалов. Особое место среди производных занимает сложное прилагательное силикатно-строительный, но и здесь необходимо сделать оговорку: чаще используется не сложное прилагательное, а двусловная комбинация силикатный строительный (материал).

Такое оформление возможно, хотя лучше обойтись без первого слова цитаты: По словам одного из героев А. С. Пушкина, «жалок тот, в ком совесть нечиста».

Правило звучит так: в составных названиях важнейших документов и сборников документов, государственных законов, а также архитектурных и других памятников, предметов и произведений искусства с прописной буквы пишется первое слово и собственные имена. Но при этом начальное родовое наименование в подобных названиях архитектурных и других памятников, произведений искусства пишется со строчной буквы. Ср.: дворец Белосельских-Белозерских (дворец — родовое слово), но Дворец конгрессов, Дворец наций (Дворец — первое слово названия). Сложность как раз в том, чтобы определить границы имени собственного, не всегда это можно сделать легко и последовательно.

В приведенных Вами примерах корректно: палаццо Колонна, дворец Александра III в Массандре (ср.: Массандровский дворец), Арсенальная комната Царскосельского дворца (может, использовать современное название — Екатерининского?), парадная анфилада Царскосельского дворца, Малый Трианон, центральный вестибюль замка Шамбор, вилла «Черный лебедь», вилла «Ротонда». 

Сложнее всего, кажется, с названием д/Дом ф/Фавна. Возможно написание дом Фавна (тем более в ряду перечисления других домов  в Помпеях), но в условиях контекста может быть уместно использовать прописную как раз в первом слове, чтобы избежать модели «дом, принадлежащий...» и подчеркнуть, что речь идет о памятнике архитектуры.

Слова число и цифра различаются по значению и по происхождению. Число — единица счёта, выражающая количество (один дом, два дома, три дома и т.д.). Цифра — знак (символ), обозначающий значение числа. См. подробнее: Числа и цифры.

Использовать кавычки нет необходимости.

Что хочется – это неполное придаточное предложение, как и в примере Женится, на ком захочет. Неполные придаточные нужно отличать от цельных по смыслу выражений, которые не обособляются. Ср.: Пусть наполнится радостью дом и что угодно произойдёт! 

Если придаточная часть находится после сочинительного союза, то рядом оказываются два союза или союз и союзное слово. В таком случае запятая между союзами ставится или не ставится на основании особых правил. Запятая ставится, если придаточную часть можно переставить в другое место предложения. В нашем случае такая перестройка возможна: ...и произойдет, что хочется.

Запятая обязательна (Странный, грубо сколоченный дом), так как здесь за одиночным определением следует определение, выраженное причастным оборотом.