Союз вместе с тем не требует выделения знаками препинания. Союзные сочетания а вместе с тем, но вместе с тем, как правило, соединяют простые предложения в составе сложного и перед ними ставится запятая или другой знак препинания.

Вы имеете в виду написание о? Здесь о под ударением, никакую другую букву мы и не можем написать. Правило, гласящее, что в этом корне с чередованием перед щ всегда а, регулирует написание на месте безударного гласного.

Знак сноски ставят перед скобками, если примечание относится только к последнему слову или словосочетанию текста в скобках, и после скобок, если примечание относится ко всему тексту в скобках либо к тексту, который включает текст в скобках. 

Верны оба варианта. 

В винительном падеже перед словами, начинающимися согласными (кроме форм местоименных слов всё, всю, все, всех, что), употребляются предлоги о и об: споткнулся о порог и об порог; ударился о камень и об камень.

Существительное с не пишется слитно, если перед существительным имеется определение или предлог. Наличие этих слов является признаком того, что не с данным существительным образует единое слово.

С целью — это предлог. Поэтому верно: ...с целью неисчисления налога.

Если вторая часть бессоюзного предложения поясняет то, о чем говорится в первой части (в таких случаях возможна подстановка слов а именно), между частями ставится двоеточие. Таким образом, перед это следует поставить двоеточие.

В остальном пунктуация верна.

Правильно: в связи со структурными изменениями.

Предлог со фонетически закономерен перед словами, начинающимися с сочетаний [с, з, ш, ж + согласная] или с согласной [щ]: со ста, со славой, со звездой, со шкафа, со жгутом, со щами.

Сочетание в основном не требует постановки знаков препинания. Однако если в основном начинают собой присоединительный оборот, то они выделяются вместе с относящимися к ним словами, т. е. ставится запятая перед ними.

Спасибо за замечание. Ответы исправлены.