Правильно раздельное написание: условно заменимые аминокислоты. В данном случае перед нами не слово, а словосочетание: заменимые (как?) условно. 

Пишутся слитно прилагательные, образованные из основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер, напр.: железнодорожный (железная дорога), каменноугольный (каменный уголь), сельскохозяйственный. Пишутся через дефис прилагательные, образованные из двух или более основ слов, обозначающих равноправные понятия, напр.: выпукло-вогнутый, садово-огородный, научно-технический, общественно-политический, 

Термин лин-конференция связан с понятием lean manufacturing, которое обычно обозначают по-русски как бережливое производство. Соответственно, лин-конференция — это конференция по обмену опытом в сфере бережливого производства. По нашим наблюдениям, часть лин- не в полной мере освоена русским языком, ее часто записывают латиницей: lean-технологии, lean-подход и т. п. При передаче этой части кириллицей прописные буквы являются, видимо, результатом орфографической гиперкоррекции.

Объединение в однородном ряду логически несовместимых понятий чаще всего называют си́ллепсисом (си́ллепсом). Такое синтаксическое построение может быть как ошибкой, так и намеренным стилистическим приемом, преследующим те или иные (часто комические) цели. См., например: Культура русской речи: энциклопедический словарь-справочник / Под ред. Л. Ю. Иванова, А. П. Сковородникова, Е. Н. Ширяева и др. М., 2003. С. 614–615.

Ваше замечание справедливо. Вот как объясняет значение слова перемирие «Большой толковый словарь русского языка» под ред. С. А. Кузнецова: «временное прекращение военных действий по соглашению воюющих сторон». Иными словами, если нет соглашения сторон, речь может идти не о перемирии, а о приостановке огня одной из сторон.

Благодарим за комментарий, передадим Ваш вопрос на рассмотрение Орфографической комиссии РАН.

Не пишется раздельно при противопоставлении, которое выражено союзом а (напр.: не дорогая, а дешевая ткань): здесь один признак отрицается, а второй утверждается. При союзе но нет противоположных друг другу понятий, они вполне совместимы, т. е. предмету одновременно приписываются два признака без отрицания одного из них: недорогая, но качественная (= ткань недорогая, но при этом качественная). Такая конструкция не требует замены слитного написания раздельным.

Не пишется раздельно при противопоставлении, которое выражено союзом а (напр.: овраг не длинный, а короткий): здесь один признак отрицается, а второй утверждается. При союзе но нет противоположных друг другу понятий, они вполне совместимы, т. е. предмету одновременно приписываются два признака без отрицания одного из них: овраг и недлинный (=короткий), и в то же время глубокий. Это дает возможность сохранить слитное написание.

Если в данном контексте индивидуальность и уникальный взгляд на вещи — одно и то же, то верно: А иначе у вас что, индивидуальности как уникального взгляда на вещи совсем нет?

Если имеется в виду, что это разные понятия (и у того, кому задают вопрос, нет уникального взгляда), то верно: А иначе у вас что, индивидуальности, как уникального взгляда на вещи, совсем нет?