1. Корректно без запятых: внутримышечно два раза в день в течение 2–3 дней, применяют внутримышечно двукратно с интервалом десять дней между инъекциями.

2. Обособление оборота а в дальнейшем и передних возможно, если автор оценивает ее как присоединительную, т. е. вводящую дополнительную информацию, конструкцию.

Согласно словарным толкованиям союз а также употребляется для присоединения последнего слова или словосочетания в ряду двух и более единиц, обозначающих однородные в определённом отношении предметы, признаки, действия и т. п., и, указывая на полную завершённость перечисления, акцентирует, выделяет, придаёт добавочный характер последнему члену ряда. Таким образом, предложение "Приём осуществляется в представительстве управляющей организации лицом, осуществляющим функции единоличного исполнительного органа управляющей организации, а также иными уполномоченными лицами" следует понимать так: приём осуществляется или лицом, осуществляющим функции единоличного исполнительного органа, или иными уполномоченными лицами. 

Вы совершенно правы. Для того чтобы подчеркнуть логические отношения между частями предложения, объединенными бессоюзной связью, необходимо поставить дфоеточие или тире: У нас ограниченные партии новых питомцев: поспешите, если хотите завести себе настоящую говорящую собаку! или У нас ограниченные партии новых питомцев —  поспешите, если хотите завести себе настоящую говорящую собаку!

Глагол СВ в данном примере имеет конкретно-фактическое значение. Соответственно, подразумевается отрицание конкретного единичного факта (Разве я это сказал?).

Глагол НСВ в этом же примере имеет общефактическое значение. Соответственно, отрицается вообще то, что когда бы то ни было имел место подобный факт (Разве я это говорил?). Это отнюдь не риторический вопрос, но он может использоваться как средство усиления: говорящему требуется опровергнуть конкретный единичный факт, но он использует средство, отрицающее подобный факт вне привязки к какой-либо конкретной ситуации. Такое усиление происходит часто, поэтому вариант (2) и встречается значительно чаще, чем (1).

Если приложение стоит перед определяемым словом и написано латиницей, оно, как правило, пишется через дефис, даже если это не технический термин (например, facebook-страница).

Когда Вы принимаете решение, писать приложение перед определяемым словом или после него, ориентируйтесь на практику употребления - как чаще пишут данные слова в авторитетных источниках. Правила по этому поводу нет. Например, в случае с NTFS предпочтительно писать: файловая система NTFS.

Правильно: в городе Нью-Йорке, в штате Нью-Йорк. Топонимы обычно не склоняются в сочетании с родовым словом штат. А вот в сочетании с родовым словом город топоним склоняется, если он русского, славянского происхождения или представляет собой (как в рассматриваемом примере) давно заимствованное и освоенное наименование. Такие названия можно считать исключениями из процитированного Вами правила (статья дополнена этим примечанием).

Дело в том, что есть правило: в сложносочиненных предложениях запятая не ставится, если обе части предложения обладают вопросительной интонацией, например: Ты понял меня или мне объяснить еще раз? Поэтому может показаться, что на основании этого правила в рассматриваемом предложении запятую ставить не надо. Но она всё же необходима, поскольку первая часть этого предложения (Ты обманул человека) представляет собой не вопросительное, а утвердительное предложение. На этом и сделан акцент в ответе. Если бы в конце стояла точка, запятая, конечно, тоже ставилась бы, но тогда и вопроса, скорее всего, не возникло бы.