Такое задание в высшей степени некорректно, поскольку лучшие лингвисты-синтаксисты готовы полемизировать по поводу ответа. Но предпочтительным является вариант с включением слова капитан в состав подлежащего. Это слово (капитан) стало бы приложением к имени, если бы оказалось в постпозиции (где станет обособленным: Себастьян Кабот, испанский капитан...). Мы бы за такие задания (вернее, за умысел засчитать как ошибку включение / невключение капитана в состав подлежащего) отправляли в Южную Америку по следам капитана без обратного билета.

Проблема ведь еще и в том, что испанский — определение именно к капитану, а не к имени и не к сочетанию капитана и имени, иначе получится, что подразумевается, будто был испанский капитан Себастьян Кабот, а был еще, скажем, и португальский капитан Себастьян Кабот. Но тогда и это определение нужно включать в подлежащее, что уже совсем странно. Так что мы бы в конечном счете пришли к выводу, что подлежащее — капитан, а его имя — приложение к нему (такие приложения обособлять не обязательно). Но ни на одном сайте, о которых Вы упоминаете, оно не предусмотрено. Хотя любому человеку, хотя бы раз пытавшемуся разобраться с приложениями, известно, что в сочетаниях нарицательного и собственного имен приложением может быть и то, и другое, причем при одном и том же порядке слов. История с приложениями вообще крайне запутанна, противоречива и, по сути, теоретически не разработана.

Пунктуационных оснований для постановки запятой после слов с уважением, действительно, нет. Наличие здесь запятой объясняется исключительно западной традицией письма.

В ответах мы ссылаемся на последнюю печатную версию (издание 2012 года).

Есть правило: пишутся через дефис сложные слова с первой частью – буквенной или звуковой аббревиатурой. Этим правилом нужно руководствоваться и при написании названий.

Это просто рекомендации. Их можно найти, например, в авторитетном "Справочнике издателя и автора" А. Э. Мильчина.

В сложносочиненных предложениях, объединенных вопросительной интонацией, запятая не ставится.

Предлог со фонетически закономерен перед словами, начинающимися с сочетаний [с, з, ш, ж] + согласная или с согласной [щ]: со ста, со славой, со звездой, со шкафа, со жгутом, со щами, со зверем, но с зайцем.

Также предлог со употребляется перед формами с начальными сочетаниями [л, ль, р, м] + согласная: со лба, со мной, со льдом, со ртом; также перед сочетаниями [в] + согласная: со вторника, со всеми, со второго.

Правильно: ООО «ВРЕМЯ» в лице директора Иванова И. И., именуемое в дальнейшем «Исполнитель»...