С исторической точки зрения все три слова (сочетание, сочетать, вычитать) являются однокоренными. Современные словообразовательные словари выделяют в слове сочетание корень сочет- и считают его производным от глагола сочет-а-ть. 

Корень благополуч- в слове благополучно выделяют сторонники структурно-семантического подхода в словообразовании. При этом подходе структура производного слова определяется на основе его семантических связей в современном языке. Значение слова благополучие (от которого образовано прилагательное благополучный, производящее для наречия благополучно) ― ‘cпокойное и счастливое состояние, существование; жизнь в достатке’. Поскольку прямых семантических связей этого слова со словами благой и получение отсутствуют, слово считается непроизводным, а все непроизводные слова, по мнению представителей этого направления, являются нечленимыми.  

С диахронической точки зрения существительное благополучие образовано от двух слов (благая полука; значение ― ‘хорошая судьба, хороший случай’) и имеет два корня, первый из которых очевиден для современного носителя языка, а второй ― нет, так как он связан с утраченным глаголом лучити ‘получать назначенное судьбой’.

В слове выстиранный безударная гласная проверяема. Хотя существует и похожий корень с чередующейся гласной, однако он имеет иное значение ('протягивать, распространять'): простирать — простереть.

В слове прийти корень — -й-, в слове приходить корень — -ход-. Эти слова связаны по смыслу и соотносительны по виду (являются видовой парой), но они не являются однокоренными. Возможны случаи, когда даже формы одного слова образованы от разных корней, ср. при-й-ти — при-ш-л-а. Такое явление называется в лингвистике супплетивизмом.

Приведенного Вами контекста теперь достаточно, чтобы ответить на вопрос. Поскольку во второй части предложения есть соотносительное слово то, запятая между что и если не ставится: ...понял, что если ему удастся спасти Источник (...), то, пожалуй, всё здесь со временем придёт в норму...

Слова тем не менее вводными не являются. О пунктуационном оформлении этих слов см. в «Справочнике по пунктуации». 

Вводные слова обособляются и в таких случаях.

Ваши рассуждения правильны, верен только вариант управляемость чего (управляемость самолета, управляемость этих процессов).

См. ответ 257376.

Е пишется в предлоге в течение чего-либо. Предлог можно заменить словами во время; в ходе; при. В примерах  Я чувствовала, как течет время, и в его течении мне чудилось... и Мы пришли узнать о течении беременности нашей родственницы употребляется существительное течение, в форме предложного падежа имеющее окончание -и.

Что касается заголовка, то здесь употребляется предлог, поэтому верно: в течение неосложненной беременности. Ср.: в ходе неосложненной беременности.