Обстоятельства медленно и со скрипом невозможно считать уточняемым и уточняющим, поскольку характеристика со скрипом не сужает и не ограничивает характеристику медленно. Между этими обстоятельствами скорее градационные отношения (усиление производимого впечатления), что предполагает однородность: Медленно, со скрипом ключ в замке повернулся.

Нужно принимать во внимание стиль текста, см. ответ на вопрос № 300410.

Нет причин для написания подобных сочетаний с прописной буквы. Это подтверждается практикой письма. К примеру, в сочетании китайская сторона, которое встречается в газетном подкорпусе Национального корпуса русского языка в 2085 документах, прописная буква не в начале предложения употребляется в единичных случаях, ничем не отличающихся от остальных. 

Верно: в Арыси, жители города Арыси (см. словари).

1. Как правило: по тематике. 2. Запятые уместны.

Вы правы, перед союзом и, соединяющим два сказуемых, которые относятся к одному подлежащему, запятая не нужна.

Скорее всего, дело именно в "красоте": два тире в этом предложении смотрелись бы хуже, тем более что поставлены они были бы по разным причинам. В действительности "правильных", возможных вариантов пунктуации в этом предложении - масса.

Смысловой вопрос к зависимому компоненту словосочетания исходит из главного компонента, а именно: он диктуется или морфологической природой главного слова (выше чего? крыши), или его семантикой (срубил чем? топором). В словосочетании страна озер главный компонент — существительное, причем не такое, значение которого влечет падежный вопрос. (Существительные, обозначающие, например, часть чего-либо, требуют подобных вопросов: крыша чего? дома / сарая… Но сущ. страна ни к одной группе таких существительных не относится.) Следовательно, единственный осмысленный вопрос, который может быть задан от сущ. страна к зависимому компоненту, — вопрос определения (какая страна?). Услышав от собеседника слово страна, но не расслышав предложение до конца, мы спросим Какая страна? Спросить «страна чего?» не придет в голову ни одному носителю русского языка.

Дело не в словообразовании, а в графике. Все слова такого рода являются заимствованиями, и при "переводе" их на кириллическое написание используется принцип транслитирации, то есть побуквенной передачи слов одной графической системы средствами другой системы. Ср.: паранойя — греч. παράνοια; маракуйя — тупи mara kuya и т. п. Да, написание таких слов нарушает слоговой принцип графики, согласно которому гласные и согласные буквы пишутся и читаются с учетом соседних букв. Иначе говоря, в основе этого принципа лежит графический слог как единица чтения и письма: поэтому, например, мы пишем сарая (Р. п. ед. ч.), хотя в этом слове корень сарай (совпадающий с формой Им. п. ед. ч. существительного) и окончание -а. 

Написания типа паранойя, фойе, йогурт нарушают слоговой принцип графики, однако позволяют подчеркнуть иноязычную природу подобных слов.