Если приложение стоит перед определяемым словом и написано латиницей, оно, как правило, пишется через дефис, даже если это не технический термин (например, facebook-страница).

Когда Вы принимаете решение, писать приложение перед определяемым словом или после него, ориентируйтесь на практику употребления - как чаще пишут данные слова в авторитетных источниках. Правила по этому поводу нет. Например, в случае с NTFS предпочтительно писать: файловая система NTFS.

Патернализм – 1) покровительство старшего младшему, подопечному; 2) опека, покровительство крупных государств по отношению к более мелким государствам или колониям; 3) концепция государственного управления, согласно которой государство должно выступать в роли покровителя своих детей-граждан и заботиться об их благополучии, т. к. оно лучше знает, что им необходимо; 4) система дополнительных льгот и выплат на предприятиях за счет предпринимателей с целью закрепления кадров, смягчения трудовых конфликтов.

Между нарицательными именами существительными, сочетание которых выполняет определительную функцию при имени существительном (в данном случе цикл), ставится тире: система человек — машина; отношения учитель — ученик; проблема производство — человек — природа (см. параграф 20 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Добавим, что подобные сочетания не требуется заключать в кавычки: цикл рождение — жизнь — смерть.

Пожалуйста, задайте более определенный вопрос. Какой знак нужно прокомментировать?

Слово курорт довольно широко используется для обозначения гостиничного комплекса за городом, на море, озере или, например, в горах. Так как, видимо, речь идет о переводе с английского, мы рекомендуем выбрать слово курорты.

В научной работе лучше использовать научную терминологию. 

В науке есть разные точки зрения на количество падежей в русском языке. Если исходить из того, что падежей шесть (такая система принята в школе), то существительные стоят в предложном падеже. Иначе можно определить падеж существительных как местный.

Местный падеж имеет особые окончания у некоторых существительных мужского рода (говорить о лес-е — находиться в лес-у), у большинства же существительных местный падеж совпадает с предложным падежом (говорить о стол-е — находиться в стол-е).

Возможный вариант: «Исполнитель предоставляет Заказчику актуализированные схемы водоснабжения и водоотведения, в том числе входящие в их состав актуализированные электронные модели систем водоснабжения и водоотведения. Актуализированные схемы водоснабжения и водоотведения и актуализированные электронные модели систем водоснабжения и водоотведения по составу и содержанию должны соответствовать Правилам и Требованиям, утверждённым постановлением Правительства России от 05.09.2013 № 782, а также требованиям настоящего технического задания».

Значение у слов экологический и экологичный разное.

Экологический – 1) относящийся к экологии, связанный с ней: экологические данные, экологическое равновесие; 2) относящийся к природе и вообще среде обитания всего живого: экологические процессы, экологическая система; связанный с плохим, опасным для жизни состоянием природы и среды обитания: экологическая катастрофа; направленный на изучение состояния окружающей среды, ее улучшение и восстановление: экологические исследования, экологический патруль.

Экологичный – не оказывающий вредного влияния на природу, окружающую среду: экологичный двигатель, экологичный транспорт.

Употребление прописных и строчных букв должно регулироваться только правилами правописания. Но, к сожалению, орфографические нормы в области номинации сегодня нередко нарушаются. В целях создания выразительных, запоминающихся наименований и привлечения внимания потенциальных клиентов используются различные способы нестандартного орфографического оформления, в том числе слитные написания с прописной буквой в середине слова (система «КонсультантПлюс», сеть «АллоКард»), написание всего слова прописными (как в приведенном Вами примере: компания «ОПТИМУС»). Все подобные написания не соответствуют нормам русского письма.