Вариант базилика раньше был единственно верным. Например, в словаре-справочнике «Русское литературное произношение и ударение» под ред. Р. И. Аванесова и С. И. Ожегова (М., 1959) только базилика. Позднее словари стали фиксировать и ударение базилика. Сейчас в одних словарях русского языка (их большинство) варианты базилика и базилика даны как равноправные, но в некоторых изданиях (особенно адресованных работникам эфира, где речь должна быть образцовой) предпочтение по-прежнему отдается варианту базилика как соответствующему строгой литературной норме.
Таким образом, утверждать, что правильно только базилика, пока еще рано. Да, этот вариант вытесняет прежнее ударение базилика и со временем, скорее всего, станет единственно верным. Но это время еще не пришло.
Правила не менялись одномоментно. Есть несколько достаточно авторитетных справочных изданий, в которых рекомендации совпадают не во всем. Эти расхождения могут отражать как разные взгляды авторов, так и эволюцию языковых явлений. Отделять знак сноски (цифру, звездочку и под.) пробелом или нет от слова — вопрос скорее не пунктуационный, а графический. Вполне логично в его решении придерживаться специальных рекомендаций. Однако заметим, что в справочниках Д. Э. Розенталя в разделе «Последовательность знаков при сноске» и при оформлении сносок в тексте единообразия нет (мы посмотрели «Справочник по правописанию и литературной правке» 1967 и 1985 гг. и «Справочник по пунктуации для работников печати» 1984 г.).
Употребление прописных и строчных букв в названиях войн в целом подчиняется правилу о названиях исторических эпох и событий, календарных периодов и праздников, общественных мероприятий.
Отдельные написания являются словарными. Так, орфографический словарь В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?» (М., 2011) рекомендует написание «опиумные войны». Рекомендация, по-видимому, обусловлена тем, что название не типично, оно воспринимается как не вполне название, скорее описательный оборот, используемый в функции названия. Ср. типичные названия для войн: Итальянские войны, Балканские войны, Альбигойские войны, Гуситские войны, Наполеоновские войны, Пунические войны, Греко-персидские войны.
Скорее всего, в презентации речь шла о правилах координации, согласно которым «недопустимо слитное или дефисное написание с приставкой или первой частью сложного слова, если вторая часть содержит пробел, т. е. представляет собой сочетание слов»: лже доктор наук, мини стиральная машина, пол рабочего дня. Другое дело, что пример (пол)квартиры отца в контексте этого правила неудачный, поскольку может иметь разный смысл. Если вся квартира принадлежит отцу и речь идет о половине этой квартиры, то верно написание пол квартиры отца. Если же отцу принадлежит не вся квартира, а только половина и речь идет именно об этой половине, то верен вариант полквартиры отца.
Слово цурипопик словарями не фиксируется. Оно восходит к эстрадному номеру советских артистов Льва Мирова и Марка Новицкого (в номере была фраза «Цурипопики трафальгируются»). Скорее всего, это слово (ничего не означающее, но своим внешним фонетическим обликом выражающее определенную экспрессию) придумано артистами – подобно тому, как Л. В. Щербой придумана знаменитая «глокая куздра».
Однако не исключено, что слово цурипопик могло существовать и раньше в русском жаргоне: так, «Толковый словарь русского школьного и студенческого жаргона» (М., 2005) отмечает близкое по звучанию слово цурепотник – шутл.-ирон. или пренебр. 'учащийся начальных классов'. Сейчас слово цурипопик имеет сходное значение и такую же экспрессивную окраску: шутливо или пренебрежительно о ком-либо, чем-либо мелком, малозначительном, несерьезном.
Ну может употребляться как междометие и как частица, при этом запятая ставится только после междометия ну и не ставится после частицы ну. Как различить междометие и частицу? Междометие ну выражает призыв, побуждение к осуществлению или прекращению каких-либо действий и получает самостоятельное интонационное оформление: Ну, тащися, сивка. Скорее пойдем, ну! Ну, за здоровье! Частица ну обычно употребляется с усилительным значением и не получает интонационного выделения: Ну сколько можно повторять? Ну как, все в порядке? Ну и жара на улице! В приведенных Вами предложениях Ну(,) ты готов? Ну(,) вот мы и на месте в зависимости от интонации ну может выступать в роли частицы (и не отделяться запятой) и в роли междометия (и обособляться).
Поскольку нет указания, что в предложениях дословно передается чей-либо вопрос, оформлять его в кавычках как прямую речь нет оснований. Корректны будут варианты: Программа-максимум — найти корень проблемы и ответить на вопрос: почему аудитории не могут сами разрешить проблемную ситуацию, в которую попали?; Возникает вопрос: какие проблемные ситуации рассматривать в рамках культуры и творчества? Вопрос формулируется так: что нужно сделать для того, чтобы..? Последний из приведенных примеров уместнее оформить как предложение с придаточным изъяснительным, поскольку в нем адресату, обозначенному местоимением вы, скорее предлагается тема для размышления, а не задается вопрос как таковой: Постановка отправного вопроса помогает быстро ответить на вопрос, ради чего вы тратите ресурсы (повторение слова вопрос при этом желательно устранить).
Первое и третье приложения — члену жюри конференции и члену ГЭК — скорее однородные, они характеризуют лицо с точки зрения его участия в разного рода «высоких собраниях», которые оценивают людей. Второе по счету приложение характеризует его с другой стороны — со стороны участия в конкурсах, однако в целом приведенный ряд, особенно в контексте благодарственного письма, выглядит как список достижений Ивана Ивановича, и в этом плане приложения однородны: Благодарственное письмо члену жюри XIX Открытой городской — с участием образовательных учреждений регионов РФ — конференции проектно-исследовательских и творческих работ школьников по истории Отечества и краеведению, победителю метапредметной олимпиады «Московский учитель», члену ГЭК Иванову Ивану Ивановичу.