Тире нужны перед в сельской местности и по программам.

Указанная запятая нужна. См. "Справочник по пунктуации".

В подобных случаях эту конструкцию лучше не использовать. Рекомендуем перестроить предложение, например: Всего с начала года за взяточничество привлекается к ответственности 31 человек из числа акимов и заместителей акимов.

Не сомневайтесь, правильно только в две тысячи десятом году.

Слово комиссия нужно писать с заглавной буквы, если оно начинает официальное название. Уровень комиссии значения не имеет. Сочетание комиссия по предоставлению рассрочки (отсрочки) оплаты за обучение обучающимся может осмысляться не только как название, но и как описательный оборот. В этом случае заглавная буква не нужна. Решение о статусе (и написании) должно быть принято в организации, создающей комиссию.

Тире стоит исключительно для акцентирования смысла оборота, стоящего после этого знака. Тире допустимо, но обязательным не является. 

Есть еще несколько случаев, когда после согласных пишется э. Это написание после приставок или составных частей сложных и сложносокращенных слов (предэкзаменационный, сэкономить; двухэтажный, Мосэнерго); написание во многих собственных именах иноязычного происхождения и производных от них словах (Бэкон, Дэвид, Сэлинджер; Мэриленд, Тайбэй, Улан-Удэ, Хуанхэ). Кроме того, э пишется в названиях букв (бэ, вэ, гэ и др.), в составе аббревиатур, пишущихся по названиям букв, и слов, образованных от буквенных аббревиатур, напр.: бэтээры, кавээнщик, гэпэушник, кагэбэшный, в звуковых аббревиатурах и образованных от них словах, напр.: ГЭС, ТЭЦ, ВТЭК, НЭП, втэковский, нэпман. 

Но в целом закономерность, о которой Вы говорите, существует. По нормам русской орфографии не в начале корня после букв, передающих твердый согласный, в словах иноязычного происхождения, как правило, пишется буква е (бизнес, бренд, коттедж, партер, стенд, инерция); буква э пишется только в немногих нарицательных существительных, таких как мэр, мэтр, пленэр, пэр, рэкет, рэп, сэр и некоторых других словах (преимущественно узкоспециальных), их круг определяется орфографическим словарем.

После слов тем не менее можно поставить тире (как интонационный знак).

После слова уважаемый в конструкциях типа Уважаемый Сергей Петрович! запятую ставить нельзя: слово уважаемый входит в состав обращения.

После слов с уважением в конце письма запятая обычно ставится: это связано с европейской эпистолярной традицией.

Запятая нужна. Судя по расположению, слова из кустов относятся только к первой части сложного предложения.