Напомним правило:
Обороты с производными предлогами и предложными сочетаниями обязательно обособляются, если они располагаются между подлежащим и сказуемым: разрыв их непосредственной связи и способствует выделению оборотов.
А теперь, собственно, к проблеме: считать ли слова "с помощью" и "при наличии" производными предлогами? В словарях эти сочетания обозначаются как выступающие "в значении предлога", но не как собственно прелоги. В чем различие? В том, что в русском языке возможны полноценные словосочетания помощь друзей и наличие друзей, в которых слова помощь и наличие - главные компоненты; настоящие производные предлоги таких сочетаний обычно не образуют. Сравните: благодаря, вопреки, ввиду, в целях, в связи с, во избежание, вследствие, по случаю, по причине, при наличии, согласно с, в отличие от, в противоположность, наподобие, при условии, в силу, за отсутствием, несмотря на, невзирая на, спустя, независимо от... (Согласны, в некоторых случаях образовать словосочетание получится, но это уже вопрос, скорее, к формулировке правила.)
Таким образом, на наш взгляд, в приведенных Вами двух последних примерах постановка запятой обязательной не является.
1. Запятые не нужны.
2. Верно: в образовательном пространстве.
3. Два вопроса, касающиеся...
Предлог ко обязателен в выражении (не) ко времени ‘в срок, вовремя’. В остальных контекстах возможны оба варианта (см. Еськова Н. А. Краткий словарь трудностей русского языка. Грамматические формы. Ударение. М., 2014. С. 70).
Такое употребление некорректно. Возможные варианты: аргумент за, аргумент в пользу.
На практике - именно так, хотя теоретически в обоих случаях можно использовать либо опустить предлог.
В обоих случаях определения не являются однородными, запятые не нужны.
Правильно: Вы когда-нибудь задумывались над тем, что такая маленькая часть речи, как предлог, может изменить смысл целой фразы?
Повторять предлог не нужно.
Предлог повторяется, если однородные члены соединены сопоставительными союзами (не только... но и – сопоставительный союз): Нужно задуматься не только о разработке, но и о поддержке магазина.
