Сочетание ООО «Газпром добыча Надым», как поясняющую конструкцию, необходимо выделить парными тире: И в 2000 году проверенному дочернему предприятию, имеющему бесценный опыт освоения, — ООО «Газпром добыча Надым» — было доверено обустройство и разработка Бованенковского месторождения.

Если Вы имеете в виду часть наименования после тире, то слово филиал следует использовать в том же падеже, что и слово мастерские.
И. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Р. п.: Механических мастерских – филиала федерального государственного казенного учреждения.
Д. п.: Механическим мастерским – филиалу федерального государственного казенного учреждения.
В. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Т. п.: Механическими мастерскими – филиалом федерального государственного казенного учреждения.
П. п.: (О) механических мастерских – филиале федерального государственного казенного учреждения. 

В этом предложении между подлежащим книга и сказуемым как беседа тире не требуется, но допустимо. Это зафиксировано, в частности, в примечании 2 к параграфу 5.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.

Наличие обособленного определения между подлежащим и сказуемым не отменяет необходимость или возможность постановки тире. В приведенном же примере имеется слово это, что предполагает  обязательную постановку этого знака: Шрам, оставшийся у него на плече, — это единственное напоминание о той ночи! 

Предложение действительно содержит явные следы устноречевого построения: в нем неверно выбраны падежные формы существительных, составляющих перечислительный ряд, который относится к местоимениям то и всё это. От слова то зависит придаточное что я любил и чтил больше всего в жизни своей, и постановка двоеточия после него затрудняет восприятие предложения. Правилами допустимо выделение ряда однородных членов парными тире, что можно предложить в данном случае: То, что я любил и чтил больше всего в жизни своей, — благородная скромность и правда, высшая красота и благородство целомудрия — все это мне было дано в восприятии родины.

Корректно: Кашель как симптом заболеваний органов дыхания (бронхит, трахеит, пневмония), сопровождающихся образованием... бронхиального секрета.  

Предложения типа Сделай, и узнаешь являются сложными. Глагольные формы, составляющие их грамматическую основу, относятся к разным наклонениям (сделай — повелительное, узнаешь — изъявительное), что говорит об их неоднородности. Следовательно, знак препинания нужен. Это может быть запятая (по общему правилу) либо тире (как знак, выражающий значение результата, следствия): Сделай — и узнаешь.

Запятая перед тире требуется, поскольку сочетание до 39 долларов за баррель — пояснение к сочетанию на 3 %.

Мы уже неоднократно отвечали, что приведенная Вами фраза ничем не напоминает заголовок, состоящий из двух частей (например: Безумный день, или Женитьба Фигаро). 

Корректно со знаком тире: Творческая профессия — актриса.