Не вполне ясно, как можно мыслить фактами, если под фактом, как известно, понимается событие, происшествие, случай и т. п. Может быть, речевой оборот оперировать фактами способен выразить авторскую мысль?

Сравнительный оборот как братья здесь не обособлен, так как его можно заменить наречием по-братски.

Запятая не нужна.

Тире не нужно, так как перед сказуемым-существительным преграда имеется отрицание. См. пункт 3 параграфа 15 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Предпочтительно раздельное написание частицы НЕ с прилагательным, хотя жесткого правила на этот счет нет.

Правильно: Документы судов и военных трибуналов, а также документы, содержащие сведения о возбуждении дел и составах преступлений, местах осуждения и отбывания сроков заключения, не относятся к перечню документов, образующихся в деятельности предприятий железнодорожного транспорта, и на хранение в отдел архивов Октябрьской железной дороги не поступали.

Слово пожалуйста в русском языке не является глаголом и, следовательно, не имеет наклонений, в том числе повелительного. Оно относится к особой группе — этикетным междометиям или частицам, которые служат для выражения вежливости, просьбы, благодарности и других коммуникативных функций.

Слово пожалуйста употребляется в следующих основных значениях:

• вежливая просьба или приглашение (Садитесь, пожалуйста!);

• ответ на благодарность (Большое спасибо! — Пожалуйста!);

• выражение согласия или разрешения (Можно открыть окно? — Пожалуйста!).

Трудно представить себе необходимость такого пунктуационного оформления. Может быть, стоит просто заключить весь отрывок в одну пару скобок? В любом случае в данной схеме мы не усматриваем оснований для постановки запятой.

Знаки препинания расставлены верно. Обратите внимание на форму местоимения: ...понять не могла, чего от меня хотят.