Вы совершенно правы: управление заменить кого/что на кого/что (вместо заменить кого/что кем/чем) оценивается как норма лишь разговорной речи. Статью непременно исправим! 

Мы переадресовали Ваш вопрос авторам "Русского орфографического словаря. Приводим их ответ: "Слитное написание давно назрело, это яркое проявление приспособления чужого слова данного типа  к русской системе правописания. В истории бытования иноязычных слов в русском письме проявляется тенденция к расширению области слитного написания. Ретроспективный анализ написания существительных данного типа показывает предпочтение слитного написания, если в узусе есть вариативность, и соответствующую этому предпочтению политику орфографистов-кодификаторов [Бешенкова 2018, с. 55-59]. Согласно лингвистическим наблюдениям, «тенденция к предпочтению слитного написания существительных с неупотребляемыми самостоятельно одной или обеими частями охватывает не только новые слова, но и уже устоявшиеся. Например, закрепленное в орфографическом словаре 1974 г. написание уик-энд (англ. week-end и weekend) сегодня вытесняется вариантом в слитном написании» [Бешенкова, Иванова 2016, с. 39]. Подвижность лексического состава заимствований и действие различных факторов, способствующих постепенному обрусению пришедших слов, влияют и на их кодификацию в академическом «Русском орфографическом словаре». [Бешенкова 2018 — Е. В. Бешенкова. Ретроспекция как фактор в современной политике орфографистов // Е. В. Бешенкова, О. Е. Иванова. Аспектное описание русской орфографии. М., 2018. С. 17-76. Бешенкова, Иванова 2016 — Е. В. Бешенкова, О. Е. Иванова. Теория и практика нормирования русского письма. М., 2016. URL:  https://ruslang.ru/doc/ortho/Beshenkova_Ivanova-2016-norm_pisma.pdf ]".

Таким образом, можно ожидать, что уже в скором времени рекомендация по написанию слова хайтек (вместо ныне рекомендованного хай-тек) будет изменена.

При отрицании в ряде случаев требуется родительный падеж, в ряде случаев – винительный, а нередко возможны обе формы. Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».

Корректно: нескольких лет.

Нет, такое преобразование цитируемого текста не допускается.

В этом случае между частями действительно нет отношений противопоставления, речь идет скорее о взаимодействии двух фактов. Попробуем дать рекомендацию с учетом синтаксических признаков приведенной конструкции: 1) части представляют собой не предложения, а словосочетания (популярность Георгия и популярность змееборства); 2) компоненты с одной стороны и с другой находятся после соединяемых ими словосочетаний.

Этим признакам соответствуют формулы из договоров, приводимые в справочниках как примеры употребления сочетания с одной стороны в роли члена предложения: ООО «Ромашка», именуемое в дальнейшем Заказчик, с одной стороны и Кузнецов Федор Федорович, именуемый в дальнейшем Исполнитель, с другой стороны заключили настоящий договор о нижеследующем. В таких формулах перед каждым из компонентов с одной стороны и с другой стороны закрывается причастный оборот, то есть запятая всё равно ставится, и это делает примеры непоказательными, однако компоненты характеризуются как члены предложения, которые не нужно обособлять. Полагаем, это же имеет место и в нашем случае: Популярность Георгия с одной стороны и популярность змееборства с другой заставляют слиться образ Георгия со змееборством, и церковь принуждена признать совершившееся слияние и канонизовать его.

В практике подобных примеров действительно много, причем пунктуация при компонентах с одной стороны и с другой, находящихся после соединяемых ими словосочетаний, может быть связана с тем, повествуется ли в предложении о взаимодействии фактов, или в нем представлены рассуждения автора. Сравним два примера из текстов, опубликованных в одном и том же журнале с разницей в один год: 1) Взаимодействие между множеством «X» природоохранных мероприятий и восстановлением среды с одной стороны и множеством «Y» — добычей полезного ископаемого с другой происходит за счет извлечения полезного ископаемого из недр, в результате чего истощаются запасы полезных ископаемых и возрастает объем выполнения комплекса природоохранных мероприятий вследствие его пропорциональности объемам горных работ [Автоматизированная компьютерная система сопряженного геоэкологического мониторинга // «Геоинформатика», 2002]; 2) Приведенные постулаты, с одной стороны, и обширный геохимический материал по рассеянию, изоморфизму и парагенезису химических элементов (приведенный далее), с другой, позволили автору предположить, что существует симметричное деление атомных ядер, которое предлагается назвать ядерной диссоциацией (холодным распадом) [Ядерная диссоциация химических элементов в геохимической истории развития Земли // «Геоинформатика», 2003].

Согласны с Вами: стоит выбрать вариант Приказ тайных дел. Такой вариант соответствует общему правилу о написании названий организаций: с прописной буквы в них пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Ср. другие исторические наименования различных ведомств, зафиксированные в академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН:

Верхо́вный та́йный сове́т (в России, 1726–1730)
Вре́менное прави́тельство (в России, 1917)
Госуда́рственная ду́ма (в России, 1906–1917)
Прави́тельствующий сена́т (в России, 1711–1917)
Та́йная канцеля́рия (в России, XVIII в.)
Тре́тье отделе́ние (гос. учреждение в России, ист.)