В подобных контекстах сочетание начиная с играет роль предлога, оборот с ним не требует обособления (см. параграф 73 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Следует заметить, что начиная с войны во Вьетнаме на них стремились возложить выполнение разведывательных задач по уничтожению объектов противника. Оборот может быть обособлен «для попутного пояснения или смыслового выделения» (см. параграф 74 того же справочника).

Корректно: От вопроса ефрейтора Бянкина Саня сморщился, словно он проглотил горсть клюквы, и стал доказывать, что он(,) как командир(,) ничего для них не жалел и не пожалеет, и что скоро вместе в бой пойдут, и что сердиться на него совершенно глупо, так как экипаж — одна семья.

Возможность выделения запятыми оборота как командир зависит от более широкого контекста: запятые нужны, если оборот имеет дополнительное обстоятельственное значение 'будучи командиром'.

Префиксы пишутся с глаголами слитно. При этом дефис может использоваться в выразительных целях, например для выделения (смыслового и произносительного) какой-либо части слова (Сто — невест тебе! Все — с запястьями! Без-ответственно. Бес-препятственно (М. Цветаева); И чтобы не впустил он в своё сердце суетного, мелкого чувства, а только со-жаление, со-болезнование, только со-страдание (из газеты)) или для подчеркивания необычности образования (Предельно явив свой край и век — беспредельно являет всё, что не-край и не-век: навек (М. Цветаева)).

Возможны разные подходы к выделению морфем в слове, отсюда и разные данные в словарях. Нельзя сказать, что один разбор правильный, а другой нет. Корень -вес- с присущим ему значением ощущается в словах занавес, занавеска, занавесить, его выделяют и орфографисты (см. ИПС «Орфографическое комментирование русского словаря»), однако А. Н. Тихонов не включает эти слова в словарное гнездо вешать (см. его «Словообразовательный словарь русского языка»). Он показывает слово занавесить как образованное от занавес, занавесь (занавесить — закрыть занавесью).

Выделяется запятыми междометие ну. Оно обычно стоит перед глаголом в форме повелительного наклонения и употребляется для выражения нетерпения и побуждения к действию: Ну, рассказывай скорей! Междометие интонационно отделяется от остальной части предложения, при восклицательной интонации после междометия ставится восклицательный знак.

Если интонационного выделения нет, перед нами частица. Частица ну, как правило, употребляется в усилительном значении и запятой не отделяется: Ну и гроза! давно такой не бывало! Ну зачем так резко? Ну что за вопрос!

Согласно наиболее распространенной сегодня структурно-семантической классификации сложноподчиненных предложений, это сложноподчиненное предложение с придаточным присоединительным. В учебнике Е. И. Литневской на нашем портале отмечается, что это тип СПП, «не нашедший отражения ни в одном из учебных комплексов». Особенность придаточных присоединительных «заключается в том, что они не эквивалентны ни одному из членов предложения, к ним не может быть поставлен вопрос от главной части, что является причиной их выделения в отдельную группу».

Рекомендуется выделить ряд поясняющих приложений с помощью парных тире: Данной лицензией разрешается использовать отходы, наименования и коды которых соответствуют классификатору отходов, — аккумуляторы с неслитым электролитом, аккумуляторы со слитым электролитом — в технологическом процессе в соответствии с техническим регламентом... Возможен также вариант с выделением скобками: Данной лицензией разрешается использовать отходы, наименования и коды которых соответствуют классификатору отходов (аккумуляторы с неслитым электролитом, аккумуляторы со слитым электролитом), в технологическом процессе в соответствии с техническим регламентом...

Лучше оформить такое предложение более наглядным выделением элементов разного уровня. Например:

Будет принято решение о готовности ООО «Дуб» к выполнению следующих видов работ: 5. Демонтаж (в части: 5.1. Демонтаж строений; 5.2. Демонтаж труб); 7. Разработка проектов; 8. Транспортировка (в части: 8.1. Транспортировка грунта; 8.2. Транспортировка труб), — а также о готовности к выполнению следующих видов работ при обследовании: 1. Ремонт трубопроводов; 13. Инженерные работы (за исключением геодезических работ).